More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_1500 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
500 aa  1013    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.23 
 
 
474 aa  334  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.15 
 
 
474 aa  323  3e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.89 
 
 
472 aa  307  3e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.72 
 
 
472 aa  305  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.7 
 
 
478 aa  303  6.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.26 
 
 
498 aa  300  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  37.86 
 
 
483 aa  293  6e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.9 
 
 
499 aa  288  2e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.35 
 
 
411 aa  279  7e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.7 
 
 
513 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.79 
 
 
498 aa  269  8e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.39 
 
 
500 aa  263  6.999999999999999e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.4 
 
 
468 aa  256  7e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  37.15 
 
 
546 aa  256  9e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.54 
 
 
494 aa  255  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  33.25 
 
 
473 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.46 
 
 
516 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  34.43 
 
 
532 aa  245  9.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  33.57 
 
 
473 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  33.25 
 
 
473 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  33.25 
 
 
473 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.2 
 
 
514 aa  243  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  33.33 
 
 
473 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  33.93 
 
 
498 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  33.93 
 
 
473 aa  236  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  33.93 
 
 
485 aa  234  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.64 
 
 
531 aa  233  5e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  31.89 
 
 
603 aa  226  8e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.19 
 
 
464 aa  219  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  32.05 
 
 
572 aa  216  7e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  31.7 
 
 
442 aa  209  1e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  36.56 
 
 
605 aa  201  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  36.08 
 
 
605 aa  201  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.86 
 
 
425 aa  187  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  31.34 
 
 
395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  31.59 
 
 
379 aa  169  1e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  30.62 
 
 
384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.83 
 
 
403 aa  163  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  29.01 
 
 
384 aa  145  2e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  28.9 
 
 
365 aa  144  3e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  29.15 
 
 
363 aa  143  9e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  28.75 
 
 
384 aa  143  9e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  29.86 
 
 
384 aa  141  3e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  31.04 
 
 
384 aa  139  1e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  30.72 
 
 
390 aa  133  9e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  31.67 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.02 
 
 
374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  28.99 
 
 
365 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  30.35 
 
 
369 aa  116  8.999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  26.19 
 
 
468 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.84 
 
 
361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.46 
 
 
365 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  27.16 
 
 
355 aa  106  9e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  27 
 
 
349 aa  104  4e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  25.88 
 
 
521 aa  103  8e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  26.53 
 
 
457 aa  96.3  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  23.87 
 
 
515 aa  95.5  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  25.97 
 
 
468 aa  92.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  24.65 
 
 
349 aa  91.3  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  24.55 
 
 
464 aa  89.4  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.51 
 
 
412 aa  89  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.04 
 
 
488 aa  85.9  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  23.16 
 
 
479 aa  84.3  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  25.51 
 
 
466 aa  84  0.000000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  24.02 
 
 
466 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  26.39 
 
 
461 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.01 
 
 
466 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.94 
 
 
460 aa  82.4  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.41 
 
 
490 aa  80.5  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  24.88 
 
 
461 aa  80.1  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.42 
 
 
510 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.04 
 
 
495 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.04 
 
 
495 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  26.09 
 
 
473 aa  78.2  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  25.38 
 
 
455 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.99 
 
 
489 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  29.6 
 
 
569 aa  77.8  0.0000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.69 
 
 
461 aa  77.4  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  26.22 
 
 
557 aa  76.6  0.0000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  26.22 
 
 
557 aa  76.6  0.0000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  23.9 
 
 
489 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  25.52 
 
 
464 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.1 
 
 
515 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.1 
 
 
515 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  23.95 
 
 
496 aa  75.9  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.1 
 
 
507 aa  74.7  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.69 
 
 
505 aa  74.7  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  24.93 
 
 
468 aa  74.7  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.72 
 
 
515 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  24.93 
 
 
466 aa  73.6  0.000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.91 
 
 
560 aa  73.6  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
530 aa  72.8  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.11 
 
 
484 aa  73.2  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.72 
 
 
515 aa  72.8  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.76 
 
 
461 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  26.87 
 
 
967 aa  72.4  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  30.18 
 
 
392 aa  72.4  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.3 
 
 
511 aa  71.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.09 
 
 
551 aa  71.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>