More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0003 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
370 aa  762    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.69 
 
 
363 aa  392  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.9 
 
 
365 aa  327  3e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.98 
 
 
363 aa  325  8.000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.18 
 
 
369 aa  325  1e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  46.29 
 
 
369 aa  317  3e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  43.55 
 
 
364 aa  296  4e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  38.19 
 
 
387 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.44 
 
 
390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  33.33 
 
 
375 aa  199  5e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  33.33 
 
 
375 aa  199  6e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  33.05 
 
 
375 aa  199  9e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.77 
 
 
375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.77 
 
 
375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.77 
 
 
375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.77 
 
 
375 aa  197  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.77 
 
 
375 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.77 
 
 
375 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  33.33 
 
 
375 aa  197  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  34.66 
 
 
367 aa  196  8.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.7 
 
 
360 aa  195  9e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.29 
 
 
373 aa  195  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 
370 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.88 
 
 
370 aa  188  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  32.66 
 
 
369 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.88 
 
 
370 aa  188  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  32.51 
 
 
374 aa  186  5e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.73 
 
 
398 aa  186  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.01 
 
 
377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.05 
 
 
358 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.36 
 
 
381 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.25 
 
 
371 aa  182  9.000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  32.29 
 
 
359 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.14 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  32.87 
 
 
364 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  30.83 
 
 
361 aa  180  4e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  30.83 
 
 
361 aa  180  4e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.86 
 
 
386 aa  180  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  30.81 
 
 
375 aa  180  4.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  32.22 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  33.43 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.9 
 
 
378 aa  179  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  30.9 
 
 
368 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  30.71 
 
 
372 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  30.79 
 
 
374 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32 
 
 
372 aa  176  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 
376 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
365 aa  176  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  30 
 
 
359 aa  175  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.91 
 
 
374 aa  175  9.999999999999999e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  32.58 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.91 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.12 
 
 
379 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  31.27 
 
 
370 aa  173  5e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.39 
 
 
414 aa  172  5.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  31.71 
 
 
377 aa  172  9e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  28.83 
 
 
390 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.27 
 
 
359 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  29.91 
 
 
362 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  31.97 
 
 
373 aa  171  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.19 
 
 
370 aa  170  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  30.77 
 
 
374 aa  170  5e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.01 
 
 
397 aa  169  6e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.84 
 
 
382 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  30.05 
 
 
364 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.14 
 
 
373 aa  168  1e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  29.69 
 
 
369 aa  167  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  30.48 
 
 
371 aa  168  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  32.77 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.05 
 
 
380 aa  166  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  30.59 
 
 
392 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  28.04 
 
 
401 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  28.41 
 
 
377 aa  164  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.78 
 
 
364 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.07 
 
 
371 aa  162  6e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  28.36 
 
 
394 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  30.57 
 
 
365 aa  161  2e-38  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.11 
 
 
369 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.83 
 
 
365 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.14 
 
 
398 aa  159  5e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.35 
 
 
397 aa  159  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.99 
 
 
365 aa  159  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  28.25 
 
 
371 aa  159  6e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 
365 aa  159  8e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  29.1 
 
 
377 aa  159  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  32.58 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.27 
 
 
372 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.7 
 
 
372 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  28.77 
 
 
380 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  28.77 
 
 
380 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  28.77 
 
 
380 aa  152  8e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.73 
 
 
363 aa  152  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  29.92 
 
 
385 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  26.92 
 
 
399 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  27.27 
 
 
376 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  26.68 
 
 
420 aa  151  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 
401 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  27.34 
 
 
414 aa  150  5e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  27.37 
 
 
386 aa  150  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>