More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2716 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2716  response regulator  100 
 
 
125 aa  248  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.59583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2449  response regulator receiver  94.4 
 
 
142 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000856797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2650  response regulator receiver domain-containing protein  76.8 
 
 
125 aa  202  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2110  response regulator receiver protein  78.23 
 
 
125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2146  response regulator receiver protein  77.42 
 
 
125 aa  196  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41399  hitchhiker  0.000968824 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3757  response regulator receiver protein  77.42 
 
 
125 aa  196  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2006  response regulator receiver protein  77.42 
 
 
125 aa  196  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  40.16 
 
 
646 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  40 
 
 
646 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 
772 aa  95.9  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 
845 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 
889 aa  94.4  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  39.02 
 
 
847 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
1092 aa  92  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  36.89 
 
 
1086 aa  92  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
1086 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  39.17 
 
 
695 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  38.21 
 
 
695 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 
1381 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 
1022 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
957 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  37.61 
 
 
827 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  37.29 
 
 
956 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.16 
 
 
1089 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
686 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  38.98 
 
 
556 aa  89.4  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
573 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
1215 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1095 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  35.25 
 
 
537 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
916 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
890 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
830 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  34.43 
 
 
692 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1103 aa  87  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.51 
 
 
728 aa  87  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
977 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
492 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 
695 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
858 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
1165 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
999 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
998 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 
807 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  36.07 
 
 
1065 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  34.96 
 
 
1092 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  34.75 
 
 
691 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
789 aa  84.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
789 aa  84.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1050 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
689 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
1067 aa  83.6  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 
691 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1065 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
782 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 
943 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
743 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
864 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
922 aa  81.3  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 
711 aa  80.9  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  35.29 
 
 
726 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  38.52 
 
 
676 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
845 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
655 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  33.05 
 
 
691 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
741 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
702 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
789 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
553 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  39.06 
 
 
676 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  33.33 
 
 
538 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
781 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
553 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
754 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
812 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  34.45 
 
 
280 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
807 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
589 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  35.9 
 
 
556 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  35.04 
 
 
949 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
721 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
589 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  35.9 
 
 
812 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
522 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
814 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 
673 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
949 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  30.77 
 
 
507 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
727 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
939 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
688 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1036 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
622 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
688 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  35.04 
 
 
538 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
1225 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
936 aa  75.5  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
740 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  34.19 
 
 
538 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  34.51 
 
 
824 aa  74.7  0.0000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>