More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3762 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3762  response regulator receiver protein  100 
 
 		 116 aa  228  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198596 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2001  response regulator receiver protein  94.83 
 
 		 116 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.002906 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2141  response regulator receiver protein  93.1 
 
 		 116 aa  213  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217748  hitchhiker  0.000119554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2105  response regulator receiver protein  78.45 
 
 		 116 aa  188  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2444  response regulator receiver  66.37 
 
 		 123 aa  147  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.986911  decreased coverage  0.00021442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2711  response regulator  63.96 
 
 		 119 aa  139  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0615637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2645  response regulator receiver domain-containing protein  61.26 
 
 		 121 aa  137  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  49.17 
 
 		 538 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  48.33 
 
 		 538 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  49.17 
 
 		 538 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.54 
 
 		 708 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  50 
 
 		 676 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.97 
 
 		 943 aa  95.1  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  49.11 
 
 		 676 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.92 
 
 		 812 aa  92  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.92 
 
 		 741 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.17 
 
 		 740 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  45.38 
 
 		 280 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.97 
 
 		 814 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  43.97 
 
 		 1065 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  51.85 
 
 		 762 aa  90.5  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 		 922 aa  90.1  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.15 
 
 		 845 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.21 
 
 		 689 aa  89.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  44.54 
 
 		 726 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.97 
 
 		 941 aa  88.2  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  45.3 
 
 		 695 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  42.74 
 
 		 559 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  45.3 
 
 		 939 aa  87.4  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.17 
 
 		 889 aa  87.8  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.22 
 
 		 695 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.37 
 
 		 858 aa  87  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.37 
 
 		 1065 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  45.87 
 
 		 558 aa  86.3  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.22 
 
 		 1215 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  42.74 
 
 		 695 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  45.54 
 
 		 556 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 998 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  44.95 
 
 		 847 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.87 
 
 		 1050 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 		 864 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.12 
 
 		 573 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 		 1381 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.79 
 
 		 830 aa  84  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 		 686 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  44.04 
 
 		 692 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  41.18 
 
 		 691 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  42.48 
 
 		 827 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  39.83 
 
 		 691 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.36 
 
 		 647 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  47.71 
 
 		 1086 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.79 
 
 		 957 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.71 
 
 		 1092 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 999 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0168  response regulator receiver protein  51.85 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  40.68 
 
 		 956 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 1089 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 492 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.87 
 
 		 1022 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1651 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  43.12 
 
 		 537 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 796 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 916 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  42.59 
 
 		 571 aa  82  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.87 
 
 		 1086 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 977 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.12 
 
 		 1095 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 		 1646 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.87 
 
 		 1631 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.88 
 
 		 1165 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  42.99 
 
 		 646 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  44.04 
 
 		 1092 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  46.3 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.04 
 
 		 1103 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 		 754 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.12 
 
 		 772 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.86 
 
 		 728 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 		 943 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.12 
 
 		 845 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  42.99 
 
 		 646 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 		 1225 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 		 1036 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  37.82 
 
 		 573 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 589 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 589 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 589 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 588 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  44.9 
 
 		 1225 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 736 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 		 589 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.74 
 
 		 1034 aa  75.9  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  39.32 
 
 		 949 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 		 774 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  40.17 
 
 		 829 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  41.88 
 
 		 556 aa  75.5  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 796 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 890 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 		 949 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 		 691 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 1021 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>