More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1535 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  100 
 
 
315 aa  642    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  92.65 
 
 
313 aa  594  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  70.13 
 
 
312 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  70.76 
 
 
311 aa  425  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  68.75 
 
 
310 aa  419  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  68.01 
 
 
325 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  59.87 
 
 
319 aa  350  3e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  55.56 
 
 
316 aa  328  8e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  54.4 
 
 
325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  47.73 
 
 
311 aa  290  3e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  45.9 
 
 
314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  50.86 
 
 
287 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  45.7 
 
 
310 aa  263  4e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  47.65 
 
 
302 aa  262  4.999999999999999e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  48.97 
 
 
288 aa  259  6e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  49.83 
 
 
303 aa  250  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  46.1 
 
 
295 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0628  homocysteine methyltransferase  41.75 
 
 
316 aa  229  5e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  44.97 
 
 
320 aa  225  6e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3061  homocysteine S-methyltransferase  42.62 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.278958  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30270  AdoMet-homocysteine methyltransferase  30.28 
 
 
337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39914  predicted protein  31.13 
 
 
418 aa  122  7e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0674804  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  33.44 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.28 
 
 
605 aa  106  6e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  28.96 
 
 
819 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  27.22 
 
 
305 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  32.59 
 
 
300 aa  94.4  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 
300 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  26.54 
 
 
304 aa  92  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  28.39 
 
 
310 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02520  homocysteine S-methyltransferase, putative  27.19 
 
 
381 aa  90.9  3e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115114  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  32.69 
 
 
300 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  29.39 
 
 
804 aa  89.4  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  29.24 
 
 
813 aa  88.6  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  25.08 
 
 
807 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  28.96 
 
 
311 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  30.07 
 
 
305 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  27.6 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  29.14 
 
 
311 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  30.48 
 
 
816 aa  87.4  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  28.05 
 
 
804 aa  87  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  30 
 
 
308 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0627  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.54 
 
 
610 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.07944e-34 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  26.91 
 
 
841 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  30.07 
 
 
310 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  29.01 
 
 
811 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03378  homocysteine S-methyltransferase (Eurofung)  25.64 
 
 
355 aa  84  0.000000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.23 
 
 
609 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  27.62 
 
 
629 aa  84  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  30.94 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  26.63 
 
 
1180 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.88 
 
 
610 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  31.83 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.54 
 
 
615 aa  82.8  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  29.59 
 
 
806 aa  82.4  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  31.51 
 
 
300 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  26.84 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2102  B12-dependent methionine synthase  24.77 
 
 
1249 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.876734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  28.38 
 
 
804 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  27.06 
 
 
801 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.33 
 
 
605 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  31.41 
 
 
301 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  25.84 
 
 
1225 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  30.82 
 
 
302 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.7 
 
 
604 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  23.49 
 
 
804 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  26.32 
 
 
818 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  28.1 
 
 
302 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2062  B12-dependent methionine synthase  25.89 
 
 
1228 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.458303  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  26.21 
 
 
800 aa  77  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  26.51 
 
 
290 aa  76.3  0.0000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0843  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.03 
 
 
611 aa  75.9  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  25.89 
 
 
768 aa  75.9  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  26.23 
 
 
1251 aa  75.9  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  28.8 
 
 
299 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  25.89 
 
 
768 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  29.45 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1692  B12-dependent methionine synthase  23.67 
 
 
1224 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  25.88 
 
 
1189 aa  73.2  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  24.2 
 
 
1227 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  27.48 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0324  homocysteine S-methyltransferase  26.6 
 
 
413 aa  73.2  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.65 
 
 
617 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  25.71 
 
 
334 aa  72.8  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  23.33 
 
 
279 aa  72  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  22.86 
 
 
774 aa  71.6  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  25.84 
 
 
1230 aa  71.6  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.05 
 
 
605 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  23.67 
 
 
279 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2402  homocysteine S-methyltransferase  24.93 
 
 
353 aa  71.6  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264872  normal  0.0639264 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.24 
 
 
615 aa  71.2  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  24.66 
 
 
793 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  25.55 
 
 
1244 aa  71.6  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  26.24 
 
 
1241 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  23.68 
 
 
780 aa  70.1  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  27.36 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2463  B12-dependent methionine synthase  23.82 
 
 
1240 aa  70.1  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  28.05 
 
 
307 aa  70.1  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  31.27 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  26.89 
 
 
839 aa  69.7  0.00000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>