More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2815 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 304 aa  630  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  52.22 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  41.22 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  40.55 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  39.14 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  38.36 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  38.69 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  38.36 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  37 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  38.03 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  35.71 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  37.17 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  38.24 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  36.86 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  38.24 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  36.51 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  36.51 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  37.09 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  37.06 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  38.03 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  36.27 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  36.51 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  34.97 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  36.51 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  37.95 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  36.96 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  36.01 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  33.22 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  29.31 
 
 		 346 aa  135  8e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  31.72 
 
 		 791 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  29.31 
 
 		 807 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  25.77 
 
 		 774 aa  107  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  28.52 
 
 		 804 aa  105  8e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  29.43 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  30.56 
 
 		 800 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  25.95 
 
 		 768 aa  103  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.83 
 
 		 605 aa  102  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  25.95 
 
 		 768 aa  102  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  28.43 
 
 		 313 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  27.3 
 
 		 311 aa  99.4  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.52 
 
 		 605 aa  97.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  28.48 
 
 		 312 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.59 
 
 		 609 aa  97.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  28.99 
 
 		 319 aa  95.9  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  26.94 
 
 		 839 aa  95.5  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  27.8 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  27.24 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0172  B12-dependent methionine synthase  27.53 
 
 		 1239 aa  94.7  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432955  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  28.47 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  27.63 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  27.89 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  28.67 
 
 		 816 aa  92.8  6e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  26.9 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  26.06 
 
 		 813 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3407  homocysteine S-methyltransferase  26.35 
 
 		 358 aa  92  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174744  normal  0.0184405 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.81 
 
 		 604 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  26.03 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  28.31 
 
 		 1240 aa  89.7  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  28.01 
 
 		 1263 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  28.9 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  27.72 
 
 		 780 aa  89.4  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0650  B12-dependent methionine synthase  27.78 
 
 		 1250 aa  89  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.81 
 
 		 615 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  26.01 
 
 		 811 aa  88.2  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.89 
 
 		 605 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0442  B12-dependent methionine synthase  26.81 
 
 		 1226 aa  87.8  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0843  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.8 
 
 		 611 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.08 
 
 		 1226 aa  87  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0405  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.41 
 
 		 613 aa  87  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0415  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.41 
 
 		 613 aa  87  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02860  B12-dependent methionine synthase  27.22 
 
 		 355 aa  87.4  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  27.05 
 
 		 279 aa  87.4  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  29.76 
 
 		 803 aa  86.3  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  27.36 
 
 		 841 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.62 
 
 		 617 aa  86.3  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0113  B12-dependent methionine synthase  27.27 
 
 		 1227 aa  85.9  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  28.96 
 
 		 841 aa  85.9  9e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  27.49 
 
 		 1244 aa  85.5  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  26.58 
 
 		 804 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  26.77 
 
 		 1232 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3053  B12-dependent methionine synthase  28.04 
 
 		 1251 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.453999 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2144  methionine synthase  27.76 
 
 		 1243 aa  85.1  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.212238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  25.99 
 
 		 1246 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  25.17 
 
 		 434 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.06 
 
 		 610 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  26.73 
 
 		 1245 aa  84.3  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0197  B12-dependent methionine synthase  26.38 
 
 		 1263 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  25.68 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  28.86 
 
 		 629 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  27.96 
 
 		 818 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0328  B12-dependent methionine synthase  25.85 
 
 		 1264 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  27.53 
 
 		 1251 aa  83.2  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  26.32 
 
 		 804 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  28.99 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  25.42 
 
 		 781 aa  83.2  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2808  B12-dependent methionine synthase  26.32 
 
 		 1226 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3161  B12-dependent methionine synthase  28.06 
 
 		 1264 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.95608 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  27.74 
 
 		 820 aa  82.8  0.000000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2966  B12-dependent methionine synthase  25.75 
 
 		 1257 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3211  B12-dependent methionine synthase  28.06 
 
 		 1264 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.509178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>