More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_37350 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  100 
 
 
295 aa  580  1.0000000000000001e-165  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  68.86 
 
 
302 aa  377  1e-104  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  54.83 
 
 
320 aa  285  7e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  50.17 
 
 
316 aa  254  9e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  46.44 
 
 
310 aa  248  7e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  46.74 
 
 
313 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  39.93 
 
 
311 aa  242  6e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  46.1 
 
 
315 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  44.03 
 
 
312 aa  237  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  44.83 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  47.95 
 
 
319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  43.34 
 
 
325 aa  232  6e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  45.12 
 
 
325 aa  228  9e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3061  homocysteine S-methyltransferase  55.02 
 
 
314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.278958  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  39.6 
 
 
314 aa  217  2e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  46.88 
 
 
288 aa  210  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  44.67 
 
 
287 aa  207  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  48.97 
 
 
303 aa  206  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  203  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0628  homocysteine methyltransferase  36.54 
 
 
316 aa  189  5e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03378  homocysteine S-methyltransferase (Eurofung)  31.4 
 
 
355 aa  118  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30270  AdoMet-homocysteine methyltransferase  26.52 
 
 
337 aa  114  3e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  30.98 
 
 
297 aa  108  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39914  predicted protein  29.17 
 
 
418 aa  102  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0674804  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  33.77 
 
 
307 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1123  B12-dependent methionine synthase  30.03 
 
 
1246 aa  94.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.833597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  26.69 
 
 
305 aa  94  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  27.89 
 
 
304 aa  93.6  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  29.41 
 
 
1169 aa  94  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  31.14 
 
 
801 aa  93.2  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  26.58 
 
 
310 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  29.05 
 
 
629 aa  90.9  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  34.44 
 
 
307 aa  91.3  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.87 
 
 
617 aa  90.9  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  31.51 
 
 
302 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  32.65 
 
 
610 aa  89.4  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  26.12 
 
 
807 aa  89.4  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  26.49 
 
 
1224 aa  88.6  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  30.07 
 
 
806 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  29.26 
 
 
311 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1355  methionine synthase (B12-dependent)  28.57 
 
 
1208 aa  87.4  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.290102  normal  0.418289 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  28.04 
 
 
819 aa  87.8  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0627  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.91 
 
 
610 aa  87  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.07944e-34 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  31.17 
 
 
300 aa  87  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  32.38 
 
 
302 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  32.78 
 
 
305 aa  86.3  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  28.94 
 
 
311 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  30.07 
 
 
308 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1123  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.58 
 
 
1208 aa  86.3  6e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.00712875  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.27 
 
 
604 aa  85.9  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  31.41 
 
 
1226 aa  85.5  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  30.41 
 
 
1178 aa  85.5  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0032  methionine synthase  28.99 
 
 
1196 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.392993  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  29.75 
 
 
1227 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.47 
 
 
605 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  26.9 
 
 
334 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30 
 
 
615 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  30.42 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3545  B12-dependent methionine synthase  29.62 
 
 
1245 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.229259 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  29.28 
 
 
1189 aa  83.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  26.23 
 
 
1180 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.05 
 
 
616 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  30.16 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  28.67 
 
 
804 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  28.3 
 
 
301 aa  82.4  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  28.85 
 
 
299 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  29.37 
 
 
811 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  30.69 
 
 
1225 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  29.9 
 
 
804 aa  82  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  30.87 
 
 
578 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  27.76 
 
 
298 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  25 
 
 
768 aa  81.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  26.32 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  29.67 
 
 
300 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.9 
 
 
605 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3207  methionine synthase (B12-dependent)  27.99 
 
 
358 aa  80.9  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  31.12 
 
 
816 aa  80.5  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  29.67 
 
 
300 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02520  homocysteine S-methyltransferase, putative  25.59 
 
 
381 aa  80.5  0.00000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115114  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  27.76 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  27.8 
 
 
813 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.39 
 
 
609 aa  79.7  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  30.1 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  25 
 
 
768 aa  79.3  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  27.73 
 
 
1293 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3407  homocysteine S-methyltransferase  25.91 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174744  normal  0.0184405 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  29.45 
 
 
1223 aa  77  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.74 
 
 
615 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  28.03 
 
 
1227 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1692  B12-dependent methionine synthase  29.96 
 
 
1224 aa  76.6  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0112  B12-dependent methionine synthase  31.27 
 
 
1259 aa  76.6  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.937971  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1643  B12-dependent methionine synthase  32.58 
 
 
1262 aa  76.3  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0494405 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.58 
 
 
637 aa  75.9  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  26.85 
 
 
1239 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3503  methionine synthase  26.73 
 
 
1212 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929135  normal  0.479801 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0606  B12-dependent methionine synthase  28.99 
 
 
1232 aa  75.5  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  27.97 
 
 
804 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27020  methionine synthase (B12-dependent)  28.96 
 
 
1184 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.12372  normal  0.910685 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2062  B12-dependent methionine synthase  28.66 
 
 
1228 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.458303  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  24.41 
 
 
804 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>