More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1042 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  100 
 
 
310 aa  637    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  46.58 
 
 
310 aa  264  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  45.45 
 
 
311 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  45.7 
 
 
315 aa  263  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  46.58 
 
 
313 aa  260  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  43.96 
 
 
319 aa  250  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  44.1 
 
 
325 aa  249  4e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  42.71 
 
 
312 aa  243  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  39.2 
 
 
325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  39.74 
 
 
316 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  41.86 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  37.21 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  38.7 
 
 
288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  35.62 
 
 
314 aa  207  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  37.5 
 
 
295 aa  203  4e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  39.8 
 
 
302 aa  200  3e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0628  homocysteine methyltransferase  37.5 
 
 
316 aa  196  3e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  36.42 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  35.2 
 
 
320 aa  179  5.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30270  AdoMet-homocysteine methyltransferase  27.73 
 
 
337 aa  124  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3061  homocysteine S-methyltransferase  33.56 
 
 
314 aa  122  8e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.278958  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  29.37 
 
 
629 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  30 
 
 
303 aa  102  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39914  predicted protein  27.47 
 
 
418 aa  101  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0674804  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  30.74 
 
 
305 aa  99.4  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  27.72 
 
 
819 aa  98.6  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  28 
 
 
806 aa  96.3  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0324  homocysteine S-methyltransferase  29.02 
 
 
413 aa  94  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.43 
 
 
617 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  27.12 
 
 
804 aa  93.2  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.7 
 
 
605 aa  90.9  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03378  homocysteine S-methyltransferase (Eurofung)  26.76 
 
 
355 aa  90.1  4e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2437  methionine synthase (B12-dependent)  27.33 
 
 
352 aa  90.1  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  28.86 
 
 
800 aa  89.4  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.96 
 
 
605 aa  89  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.43 
 
 
610 aa  88.6  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  26.62 
 
 
801 aa  87.4  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  26.86 
 
 
807 aa  87.4  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2832  B12-dependent methionine synthase  25.68 
 
 
1271 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.192266 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  26.26 
 
 
804 aa  86.3  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  25.6 
 
 
1241 aa  85.9  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0843  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.72 
 
 
611 aa  86.3  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0627  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.38 
 
 
610 aa  86.3  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.07944e-34 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  30.07 
 
 
308 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  25.75 
 
 
1233 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.78 
 
 
637 aa  85.5  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3739  B12-dependent methionine synthase  26.41 
 
 
1252 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.07 
 
 
605 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.81 
 
 
604 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4088  B12-dependent methionine synthase  26.61 
 
 
1251 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.611508 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  30.09 
 
 
309 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  25.47 
 
 
1246 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  27.41 
 
 
1180 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  27.92 
 
 
813 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  25.75 
 
 
1244 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  25.59 
 
 
804 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  28.89 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  25.17 
 
 
791 aa  82.8  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  25.47 
 
 
1244 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  25.16 
 
 
1244 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  28.34 
 
 
302 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  28.37 
 
 
811 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  27.67 
 
 
802 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  24.84 
 
 
1244 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  26.54 
 
 
816 aa  80.9  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  28.85 
 
 
297 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  24.84 
 
 
1244 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  25.15 
 
 
1244 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  29.71 
 
 
300 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  28.8 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  25.91 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  25.75 
 
 
279 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  24.01 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  25.15 
 
 
1244 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4784  homocysteine S-methyltransferase  28.38 
 
 
643 aa  79.3  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  24.92 
 
 
1244 aa  79  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  28.89 
 
 
300 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  25.08 
 
 
768 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  28.24 
 
 
801 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  25.08 
 
 
768 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  25.08 
 
 
279 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  27.1 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  27.3 
 
 
793 aa  77.8  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1123  B12-dependent methionine synthase  25.07 
 
 
1246 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.833597 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  28.25 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  25.55 
 
 
310 aa  76.6  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  25.68 
 
 
1240 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  23.73 
 
 
1293 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  24.92 
 
 
1226 aa  76.3  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3878  methionine synthase  26.81 
 
 
1208 aa  75.9  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00387489  normal  0.106452 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0087  methionine synthase  27.61 
 
 
1149 aa  75.9  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.834345  normal  0.210518 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3384  B12-dependent methionine synthase  26.62 
 
 
1210 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.73359  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.12 
 
 
1132 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1488  methionine synthase  26.45 
 
 
1156 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.128181  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2123  B12-dependent methionine synthase  24.18 
 
 
1250 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.607854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  24.01 
 
 
1257 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  25 
 
 
1251 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  28.12 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  28.12 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  24.57 
 
 
780 aa  73.6  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>