More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3061 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3061  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 
314 aa  609  1e-173  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.278958  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  56.03 
 
 
320 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  54.39 
 
 
295 aa  272  6e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  53.02 
 
 
302 aa  260  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  42.72 
 
 
312 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  44.11 
 
 
325 aa  217  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  44.23 
 
 
316 aa  206  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  42.01 
 
 
311 aa  205  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  45.48 
 
 
288 aa  204  2e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  49.84 
 
 
303 aa  204  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  43.18 
 
 
315 aa  203  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  46.42 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  41.64 
 
 
313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  36.07 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  42.72 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  43.31 
 
 
319 aa  196  3e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  37.99 
 
 
314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  37.86 
 
 
325 aa  189  8e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0628  homocysteine methyltransferase  33.55 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  34.1 
 
 
310 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  30.41 
 
 
297 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30270  AdoMet-homocysteine methyltransferase  24.77 
 
 
337 aa  102  1e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  34.31 
 
 
609 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  31.94 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03378  homocysteine S-methyltransferase (Eurofung)  29.86 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  31.94 
 
 
311 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  33.33 
 
 
605 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  34.33 
 
 
605 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  26.56 
 
 
819 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  30.42 
 
 
298 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  30.42 
 
 
629 aa  89.7  6e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.82 
 
 
605 aa  87.8  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  26.89 
 
 
304 aa  87.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  31.67 
 
 
308 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  28.67 
 
 
807 aa  86.7  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  32.27 
 
 
300 aa  85.9  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  28.33 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  32.78 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  32.17 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  31.33 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  29.81 
 
 
310 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4784  homocysteine S-methyltransferase  31.23 
 
 
643 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  31.01 
 
 
300 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.72 
 
 
610 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02520  homocysteine S-methyltransferase, putative  23.21 
 
 
381 aa  81.3  0.00000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  31.83 
 
 
300 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  31.51 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39914  predicted protein  27.25 
 
 
418 aa  79  0.00000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0674804  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0627  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.72 
 
 
610 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.07944e-34 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  33.11 
 
 
816 aa  79  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.56 
 
 
604 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  30.31 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  31.15 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  25.43 
 
 
434 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  25.33 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  30.52 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.69 
 
 
615 aa  72.4  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.66 
 
 
637 aa  71.2  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3923  B12-dependent methionine synthase  25.59 
 
 
1230 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  27.11 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  31.1 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  30.6 
 
 
804 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0298  B12-dependent methionine synthase  25.59 
 
 
1230 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  23.3 
 
 
791 aa  70.9  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.65 
 
 
616 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2062  B12-dependent methionine synthase  25.44 
 
 
1228 aa  70.1  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.458303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  24.26 
 
 
768 aa  70.1  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  32.68 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  25.4 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.75 
 
 
617 aa  69.7  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  30.5 
 
 
818 aa  69.3  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  28.03 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0368  B12-dependent methionine synthase  25.29 
 
 
1231 aa  68.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.488667  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  27.22 
 
 
1223 aa  69.3  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0405  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.58 
 
 
613 aa  68.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  26.69 
 
 
801 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0415  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.58 
 
 
613 aa  68.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  28.48 
 
 
804 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  23.93 
 
 
768 aa  68.2  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2547  methionine synthase I  29.37 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.946299 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4435  B12-dependent methionine synthase  25.37 
 
 
1227 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0843  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.95 
 
 
611 aa  67  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  29 
 
 
841 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  29.13 
 
 
800 aa  66.6  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2433  methionine synthase  26.13 
 
 
1236 aa  66.6  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4599  B12-dependent methionine synthase  25.46 
 
 
1227 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.972582  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4523  B12-dependent methionine synthase  25.46 
 
 
1227 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.413038 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4526  B12-dependent methionine synthase  25.46 
 
 
1227 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267598  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  30.09 
 
 
309 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2102  B12-dependent methionine synthase  25.87 
 
 
1249 aa  65.9  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.876734  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  28.84 
 
 
302 aa  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3407  homocysteine S-methyltransferase  26.64 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174744  normal  0.0184405 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  22.52 
 
 
334 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  30.62 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4490  B12-dependent methionine synthase  24 
 
 
1209 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.816383  normal  0.548116 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1468  methionine synthase I  28.39 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799153  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  25 
 
 
1227 aa  65.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  24.27 
 
 
1257 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4401  B12-dependent methionine synthase  25.15 
 
 
1227 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.90979  normal  0.334358 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  25.42 
 
 
780 aa  64.3  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>