More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2776 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  100 
 
 
307 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  68.65 
 
 
308 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  61.87 
 
 
311 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  62.21 
 
 
311 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  63.05 
 
 
309 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  60.87 
 
 
299 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  60.87 
 
 
298 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  62.54 
 
 
309 aa  348  9e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  56.11 
 
 
303 aa  345  8e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  59.87 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  57.48 
 
 
300 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  57.81 
 
 
300 aa  331  9e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  59.08 
 
 
300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  60.53 
 
 
313 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  54.93 
 
 
310 aa  321  9.000000000000001e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  58.14 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  58.14 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  60.76 
 
 
302 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  55.07 
 
 
301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  53.38 
 
 
302 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  53.54 
 
 
302 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  51.68 
 
 
310 aa  289  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  47.52 
 
 
305 aa  279  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  46.98 
 
 
301 aa  278  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  37.84 
 
 
346 aa  195  9e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  37.12 
 
 
304 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  39.22 
 
 
297 aa  163  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  39.81 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  37.12 
 
 
308 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  33.54 
 
 
307 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  33.77 
 
 
295 aa  100  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  27.42 
 
 
800 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  27.92 
 
 
804 aa  89.7  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.72 
 
 
1132 aa  87  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.13 
 
 
1133 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.13 
 
 
1132 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.13 
 
 
1132 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.13 
 
 
1132 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  29.52 
 
 
311 aa  85.9  8e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  24.76 
 
 
1132 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  24.76 
 
 
1132 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.81 
 
 
1133 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  26.25 
 
 
807 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.67 
 
 
617 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  32.79 
 
 
818 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0868  methionine synthase  24.12 
 
 
1132 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  29.21 
 
 
1215 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.64 
 
 
605 aa  80.9  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  28.8 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  28.25 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1689  homocysteine S-methyltransferase  28.62 
 
 
354 aa  80.5  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  24.12 
 
 
1132 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  33.23 
 
 
325 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  26.75 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0839  homocysteine S-methyltransferase  26.95 
 
 
285 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  30.42 
 
 
287 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0169  homocysteine S-methyltransferase  28.67 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1980  methionine synthase  27.56 
 
 
354 aa  75.5  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.24 
 
 
609 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0167  homocysteine S-methyltransferase  27.69 
 
 
348 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4108  methionine synthase  24.33 
 
 
1132 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0118  methionine synthase (B12-dependent)  24.4 
 
 
351 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  25.75 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0102  homocysteine S-methyltransferase  29.18 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1195  methionine synthase  27.93 
 
 
370 aa  74.3  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  31.29 
 
 
311 aa  74.3  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  26.93 
 
 
1168 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0083  methionine synthase (B12-dependent)  28.88 
 
 
366 aa  72.8  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  25.08 
 
 
780 aa  73.2  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.08 
 
 
346 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  25.68 
 
 
279 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  25.91 
 
 
355 aa  72.4  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  28.25 
 
 
302 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  31.33 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0172  methionine synthase (B12-dependent)  27.02 
 
 
348 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.727422  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  26.79 
 
 
346 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  30.6 
 
 
578 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  27.54 
 
 
819 aa  71.2  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.27 
 
 
616 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0460  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  27.38 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  31.6 
 
 
841 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2509  B12-dependent methionine synthase  25.3 
 
 
1262 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  28.67 
 
 
1223 aa  70.1  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  28.81 
 
 
820 aa  70.1  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  31.27 
 
 
315 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1433  methionine synthase I, homocysteine S-methyltransferase  26.83 
 
 
338 aa  69.7  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.218334 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  25 
 
 
781 aa  69.3  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0115  homocysteine S-methyltransferase  27.08 
 
 
351 aa  69.3  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.165107 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0405  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.29 
 
 
613 aa  68.9  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.78 
 
 
605 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  26.75 
 
 
346 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0415  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.29 
 
 
613 aa  68.9  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  31.39 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  30.82 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2445  methionine synthase  29.07 
 
 
1199 aa  68.9  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.795669  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  31.25 
 
 
303 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  24.51 
 
 
791 aa  68.6  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  25 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  28.99 
 
 
288 aa  68.2  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  27.63 
 
 
801 aa  67.4  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>