More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0115 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0115  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 
351 aa  726    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.165107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0172  methionine synthase (B12-dependent)  90.23 
 
 
348 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.727422  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0167  homocysteine S-methyltransferase  85.34 
 
 
348 aa  625  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0460  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  85.06 
 
 
348 aa  617  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0083  methionine synthase (B12-dependent)  84.98 
 
 
366 aa  595  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0102  homocysteine S-methyltransferase  84.38 
 
 
344 aa  593  1e-168  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0174  methionine synthase (B12-dependent)  81.84 
 
 
354 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.600189  hitchhiker  0.00922772 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0169  homocysteine S-methyltransferase  77.9 
 
 
368 aa  570  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1195  methionine synthase  80.65 
 
 
370 aa  565  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0477  homocysteine S-methyltransferase  77.71 
 
 
356 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0783224 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  78.42 
 
 
346 aa  534  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  75.72 
 
 
346 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0191  homocysteine S-methyltransferase  77.11 
 
 
356 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4240  methionine synthase (B12-dependent)  77.34 
 
 
359 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.826519  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0166  methionine synthase (B12-dependent)  77.29 
 
 
357 aa  534  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  77.81 
 
 
346 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2828  homocysteine S-methyltransferase  74.34 
 
 
355 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2965  methionine synthase  74.34 
 
 
355 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0388  homocysteine S-methyltransferase  73.55 
 
 
367 aa  530  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0207088 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6259  methionine synthase (B12-dependent)  75 
 
 
372 aa  530  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2931  homocysteine S-methyltransferase  75.3 
 
 
355 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  76.97 
 
 
355 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2302  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  75.3 
 
 
355 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2916  methionine synthase  75.3 
 
 
355 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142976  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0358  homocysteine S-methyltransferase, putative  73.76 
 
 
358 aa  525  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0414  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  73.47 
 
 
359 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0249  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  73.47 
 
 
359 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.481246  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0118  methionine synthase (B12-dependent)  74.05 
 
 
351 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0595  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  73.47 
 
 
359 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1345  B12-dependent homocysteine-N5-methyltetrahydrofolate transmethylase, repressor of metE and metF  73.47 
 
 
359 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185494  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3218  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  73.47 
 
 
359 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0434  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  73.47 
 
 
359 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.808444  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3268  homocysteine S-methyltransferase  73.85 
 
 
357 aa  510  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1689  homocysteine S-methyltransferase  70.5 
 
 
354 aa  494  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1980  methionine synthase  70.8 
 
 
354 aa  491  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2509  B12-dependent methionine synthase  69.73 
 
 
1262 aa  480  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0045  B12-dependent methionine synthase  60.96 
 
 
1267 aa  423  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0606  B12-dependent methionine synthase  62.15 
 
 
1232 aa  418  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  58.7 
 
 
1238 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  62.27 
 
 
1251 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  58.84 
 
 
1244 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  61.09 
 
 
1241 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  59.13 
 
 
1244 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  62.26 
 
 
1245 aa  412  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  62.81 
 
 
1244 aa  412  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 
1235 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  60.18 
 
 
1244 aa  408  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  59.76 
 
 
1235 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 
1235 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3449  B12-dependent methionine synthase  61.96 
 
 
1234 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625644  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  58.84 
 
 
1244 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  59.76 
 
 
1235 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  61.66 
 
 
1234 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  58.84 
 
 
1244 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  60.74 
 
 
1236 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  60.12 
 
 
1239 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  57.97 
 
 
1244 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  59.76 
 
 
1232 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  60.12 
 
 
1293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  60.74 
 
 
1278 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4250  methionine synthase  61.59 
 
 
1261 aa  407  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.49174  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  59.27 
 
 
1233 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  58.01 
 
 
1237 aa  403  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  57.97 
 
 
1244 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  59.51 
 
 
1239 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  58.16 
 
 
1263 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0046  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 
1220 aa  401  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.61869 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0234  B12-dependent methionine synthase  61.28 
 
 
1237 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.545849  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2671  methionine synthase  62.42 
 
 
1269 aa  404  1e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  57.68 
 
 
1244 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2832  B12-dependent methionine synthase  60.84 
 
 
1271 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.192266 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2010  B12-dependent methionine synthase  55.88 
 
 
1233 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0892  homocysteine S-methyltransferase  60.84 
 
 
339 aa  403  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2144  methionine synthase  59.06 
 
 
1243 aa  402  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.212238  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  57.1 
 
 
1245 aa  400  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0657  methionine synthase  59.13 
 
 
1238 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3053  B12-dependent methionine synthase  59.02 
 
 
1251 aa  395  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.453999 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01233  methionine synthase  57.06 
 
 
379 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0459633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  58.08 
 
 
1236 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3161  B12-dependent methionine synthase  60.31 
 
 
1264 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.95608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2402  homocysteine S-methyltransferase  60.92 
 
 
353 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264872  normal  0.0639264 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2804  methionine synthase  56.45 
 
 
1274 aa  397  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.294328 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  56.89 
 
 
1246 aa  396  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3211  B12-dependent methionine synthase  60.31 
 
 
1264 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.509178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1526  B12-dependent methionine synthase  55.39 
 
 
1232 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2169  methionine synthase  57.23 
 
 
1245 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.205577  normal  0.226732 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  56.63 
 
 
1228 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  56.1 
 
 
1240 aa  394  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  54.98 
 
 
1226 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0650  B12-dependent methionine synthase  56.64 
 
 
1250 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3149  B12-dependent methionine synthase  60.97 
 
 
1220 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3138  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  55.66 
 
 
1230 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3951  B12-dependent methionine synthase  56.89 
 
 
1227 aa  391  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.360627  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03712  B12-dependent methionine synthase  56.5 
 
 
1226 aa  388  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0172  B12-dependent methionine synthase  55.86 
 
 
1239 aa  390  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3775  B12-dependent methionine synthase  56.59 
 
 
1227 aa  388  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4526  B12-dependent methionine synthase  57.19 
 
 
1227 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267598  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2611  homocysteine S-methyltransferase  56.27 
 
 
363 aa  386  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.186281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  55.09 
 
 
1227 aa  385  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  56.29 
 
 
1272 aa  385  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>