More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2402 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2402  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 353 aa  725    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264872  normal  0.0639264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2832  B12-dependent methionine synthase  67.99 
 
 		 1271 aa  491  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.192266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  66.19 
 
 		 1236 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3449  B12-dependent methionine synthase  65.33 
 
 		 1234 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625644  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  65.9 
 
 		 1234 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  65.62 
 
 		 1235 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  65.62 
 
 		 1235 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  65.04 
 
 		 1235 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  65.04 
 
 		 1236 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  65.33 
 
 		 1235 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  67.46 
 
 		 1263 aa  466  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  63.61 
 
 		 1278 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2010  B12-dependent methionine synthase  64.37 
 
 		 1233 aa  466  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  64.78 
 
 		 1245 aa  466  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  63.61 
 
 		 1239 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  63.32 
 
 		 1239 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0650  B12-dependent methionine synthase  64.64 
 
 		 1250 aa  461  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  63.4 
 
 		 1238 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0113  B12-dependent methionine synthase  61.82 
 
 		 1227 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1123  B12-dependent methionine synthase  66.37 
 
 		 1246 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.833597 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  63.79 
 
 		 1237 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  64.71 
 
 		 1244 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0234  B12-dependent methionine synthase  63.53 
 
 		 1237 aa  449  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.545849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  64.53 
 
 		 1244 aa  450  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  64.83 
 
 		 1244 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  64.53 
 
 		 1244 aa  451  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4366  B12-dependent methionine synthase  63.45 
 
 		 1247 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.778137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  63.93 
 
 		 1244 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0403  B12-dependent methionine synthase  62.39 
 
 		 1271 aa  444  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0459446  hitchhiker  0.000026899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  62.87 
 
 		 1293 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3545  B12-dependent methionine synthase  62.94 
 
 		 1245 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.229259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1638  B12-dependent methionine synthase  64.33 
 
 		 1250 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0298  B12-dependent methionine synthase  60.63 
 
 		 1230 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.183205  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  61 
 
 		 1226 aa  441  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0368  B12-dependent methionine synthase  60.63 
 
 		 1231 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.488667  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3775  B12-dependent methionine synthase  61.27 
 
 		 1227 aa  444  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  62.97 
 
 		 1241 aa  443  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  61.34 
 
 		 1240 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3923  B12-dependent methionine synthase  60.63 
 
 		 1230 aa  443  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  63.05 
 
 		 1244 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0046  B12-dependent methionine synthase  63.25 
 
 		 1220 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.61869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3739  B12-dependent methionine synthase  64.09 
 
 		 1252 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1882  B12-dependent methionine synthase  64.04 
 
 		 1250 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.820569 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  62.76 
 
 		 1244 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  59.6 
 
 		 1272 aa  438  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2123  B12-dependent methionine synthase  63.16 
 
 		 1250 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.607854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1601  B12-dependent methionine synthase  64.04 
 
 		 1250 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3951  B12-dependent methionine synthase  61.52 
 
 		 1227 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.360627  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  64.26 
 
 		 346 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  59.83 
 
 		 1227 aa  440  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2808  B12-dependent methionine synthase  60.34 
 
 		 1226 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  60.63 
 
 		 1246 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2169  methionine synthase  61.01 
 
 		 1245 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.205577  normal  0.226732 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  60.93 
 
 		 1232 aa  435  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0045  B12-dependent methionine synthase  59.43 
 
 		 1267 aa  435  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  63.66 
 
 		 346 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0454  B12-dependent methionine synthase  62.65 
 
 		 1228 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0341811  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  62.94 
 
 		 1244 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4088  B12-dependent methionine synthase  63.17 
 
 		 1251 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.611508 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3690  B12-dependent methionine synthase  57.35 
 
 		 1220 aa  435  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  63.05 
 
 		 1233 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0442  B12-dependent methionine synthase  61.01 
 
 		 1226 aa  436  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  63.06 
 
 		 346 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01233  methionine synthase  60.91 
 
 		 379 aa  431  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0459633  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3799  methionine synthase  60.53 
 
 		 1219 aa  432  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0369  B12-dependent methionine synthase  61.75 
 
 		 1228 aa  434  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.789152  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0606  B12-dependent methionine synthase  60.46 
 
 		 1232 aa  433  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4918  B12-dependent methionine synthase  63.45 
 
 		 1248 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  61.61 
 
 		 1230 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0118  methionine synthase (B12-dependent)  62.46 
 
 		 351 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4490  B12-dependent methionine synthase  61.7 
 
 		 1209 aa  430  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.816383  normal  0.548116 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5489  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1227 aa  428  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0449  B12-dependent methionine synthase  62.69 
 
 		 1271 aa  428  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.37086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  62.46 
 
 		 355 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03712  B12-dependent methionine synthase  61.34 
 
 		 1226 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1526  B12-dependent methionine synthase  59.31 
 
 		 1232 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03891  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1227 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0477  homocysteine S-methyltransferase  62.76 
 
 		 356 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0783224 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4472  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 		 1227 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.346478 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0172  B12-dependent methionine synthase  57.64 
 
 		 1239 aa  425  1e-118  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432955  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4435  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1227 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4523  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1227 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.413038 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4526  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1227 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1764  B12-dependent methionine synthase  62.46 
 
 		 1304 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.075059  normal  0.0106397 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4240  methionine synthase (B12-dependent)  62.88 
 
 		 359 aa  425  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.826519  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03851  hypothetical protein  60.35 
 
 		 1227 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4563  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 		 1227 aa  424  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4255  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 		 1227 aa  425  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0705471  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1935  B12-dependent methionine synthase  59.27 
 
 		 1250 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688432  normal  0.0193285 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4011  B12-dependent methionine synthase  60.06 
 
 		 1227 aa  424  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.960796  normal  0.0169283 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4599  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1227 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.972582  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3978  methionine synthase  59.77 
 
 		 1227 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  57.97 
 
 		 1228 aa  422  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2931  homocysteine S-methyltransferase  61.61 
 
 		 355 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2828  homocysteine S-methyltransferase  61.86 
 
 		 355 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02860  B12-dependent methionine synthase  60.41 
 
 		 355 aa  423  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  61.88 
 
 		 1257 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2965  methionine synthase  61.61 
 
 		 355 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2916  methionine synthase  61.61 
 
 		 355 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142976  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2966  B12-dependent methionine synthase  60.81 
 
 		 1257 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>