More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3196 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 237 aa  475  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  71.81 
 
 		 230 aa  321  6e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  74.77 
 
 		 228 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  75.94 
 
 		 242 aa  319  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  73.93 
 
 		 222 aa  314  9e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  74.53 
 
 		 231 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  74.53 
 
 		 222 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  72.38 
 
 		 222 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  70.05 
 
 		 230 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 240 aa  175  7e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 244 aa  174  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  46.39 
 
 		 248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 251 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  47.42 
 
 		 237 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 243 aa  171  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  48.72 
 
 		 218 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 238 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  44.02 
 
 		 221 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  42.31 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  42.31 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 221 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  42.79 
 
 		 223 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  43.46 
 
 		 227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  42.71 
 
 		 216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  42.41 
 
 		 216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  42.27 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 218 aa  138  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  39.69 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  40.84 
 
 		 216 aa  136  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  43.65 
 
 		 216 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 248 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 225 aa  128  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  37.09 
 
 		 223 aa  128  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  45.6 
 
 		 224 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  39.69 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 228 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 240 aa  108  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 254 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 218 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 235 aa  105  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 229 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  32.54 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 223 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 		 221 aa  101  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 241 aa  101  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 212 aa  101  9e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 229 aa  99.4  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  32.41 
 
 		 263 aa  99  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 251 aa  99  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  98.6  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  98.6  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 274 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 263 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 256 aa  97.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 262 aa  97.8  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 262 aa  97.8  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>