More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1003 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  662    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  50.16 
 
 
318 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 
333 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 
351 aa  236  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
320 aa  233  3e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 
325 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
319 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.88 
 
 
324 aa  229  7e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.82 
 
 
325 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.51 
 
 
322 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.94 
 
 
343 aa  225  8e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
321 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  40.32 
 
 
322 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.14 
 
 
332 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.26 
 
 
337 aa  222  6e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.96 
 
 
332 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.14 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.57 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.7 
 
 
348 aa  220  3e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.92 
 
 
356 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
381 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.73 
 
 
325 aa  219  7e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.99 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  37.92 
 
 
337 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.26 
 
 
328 aa  218  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.36 
 
 
333 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
332 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 
337 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 
337 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.46 
 
 
326 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.46 
 
 
326 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 
337 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.26 
 
 
357 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.39 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.22 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 
354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.11 
 
 
328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.23 
 
 
336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.65 
 
 
321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
337 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
336 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.24 
 
 
332 aa  212  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.14 
 
 
332 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
355 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.58 
 
 
355 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
355 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.22 
 
 
354 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.31 
 
 
347 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.27 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.22 
 
 
354 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.27 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.22 
 
 
354 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.27 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.22 
 
 
354 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.22 
 
 
354 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.22 
 
 
354 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.27 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
355 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.27 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
355 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  35.56 
 
 
335 aa  211  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  211  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.71 
 
 
308 aa  211  2e-53  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.53 
 
 
332 aa  211  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.58 
 
 
326 aa  210  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  37.35 
 
 
329 aa  210  3e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.02 
 
 
332 aa  210  3e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.27 
 
 
355 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.31 
 
 
354 aa  209  4e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 
347 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.06 
 
 
347 aa  209  4e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  40.91 
 
 
320 aa  209  5e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.97 
 
 
321 aa  209  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.69 
 
 
332 aa  209  6e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.67 
 
 
321 aa  208  8e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.04 
 
 
321 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.8 
 
 
355 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.31 
 
 
337 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.8 
 
 
355 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.96 
 
 
333 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  35.8 
 
 
356 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  38.15 
 
 
337 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.22 
 
 
354 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.03 
 
 
332 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  45.97 
 
 
327 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.77 
 
 
343 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.73 
 
 
321 aa  207  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>