More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6620 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  100 
 
 
374 aa  750    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.97 
 
 
368 aa  207  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  36.96 
 
 
330 aa  207  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  33.24 
 
 
331 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  33.24 
 
 
331 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.14 
 
 
344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  36.25 
 
 
330 aa  200  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  36.25 
 
 
330 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.94 
 
 
330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  35.62 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  35.62 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  35.62 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  35.62 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  35.62 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  35.83 
 
 
333 aa  197  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  33.84 
 
 
331 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  35.03 
 
 
332 aa  195  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  33.43 
 
 
333 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.22 
 
 
381 aa  193  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  32.87 
 
 
347 aa  194  3e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  34.35 
 
 
332 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  35 
 
 
335 aa  188  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  34.04 
 
 
332 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.23 
 
 
351 aa  187  3e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  34.65 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  32.12 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  35.52 
 
 
339 aa  179  5.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  33.06 
 
 
352 aa  178  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  34.69 
 
 
342 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.53 
 
 
342 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.53 
 
 
365 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.53 
 
 
342 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.22 
 
 
342 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.22 
 
 
342 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.17 
 
 
339 aa  176  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.86 
 
 
335 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.86 
 
 
335 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.28 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.75 
 
 
342 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  33.63 
 
 
342 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.03 
 
 
342 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.78 
 
 
333 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.45 
 
 
350 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.44 
 
 
342 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.44 
 
 
342 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.72 
 
 
333 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  32.4 
 
 
360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.15 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  32.1 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  33.54 
 
 
380 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  32.09 
 
 
378 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  30.41 
 
 
352 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  31.03 
 
 
370 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  29.72 
 
 
362 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  32.2 
 
 
366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  34.39 
 
 
372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.44 
 
 
346 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.23 
 
 
346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  31.71 
 
 
374 aa  136  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.39 
 
 
347 aa  135  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  27.66 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  31.5 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.46 
 
 
342 aa  133  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  27.69 
 
 
356 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  27.63 
 
 
376 aa  126  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  30.12 
 
 
358 aa  126  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  31.41 
 
 
385 aa  126  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  32.72 
 
 
346 aa  126  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  30.28 
 
 
369 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  30.65 
 
 
350 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  32.42 
 
 
373 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.9 
 
 
345 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.56 
 
 
347 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.32 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.37 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0841  ABC sugar transporter, periplasmic solute-binding protein  31.53 
 
 
355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  30.34 
 
 
361 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.87 
 
 
351 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  27.44 
 
 
356 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  29.07 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  27.19 
 
 
354 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  26.51 
 
 
357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  26.52 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  32 
 
 
354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  28.57 
 
 
365 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  31 
 
 
378 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  28.28 
 
 
381 aa  112  9e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  26.59 
 
 
354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  31.17 
 
 
354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  26.59 
 
 
354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  25.14 
 
 
355 aa  110  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  25.9 
 
 
379 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  27.39 
 
 
364 aa  109  7.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.74 
 
 
363 aa  109  8.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  27.93 
 
 
355 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  28.07 
 
 
359 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.98 
 
 
356 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  30.35 
 
 
341 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  26.67 
 
 
388 aa  107  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.05 
 
 
376 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>