More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5639 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  100 
 
 		 553 aa  995    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  40.77 
 
 		 680 aa  209  7e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  47.21 
 
 		 271 aa  202  9e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  47.13 
 
 		 329 aa  196  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 258 aa  196  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  48.97 
 
 		 251 aa  195  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.16 
 
 		 240 aa  195  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  47.13 
 
 		 324 aa  195  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  46.61 
 
 		 242 aa  194  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 247 aa  192  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 354 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  45.97 
 
 		 309 aa  192  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 237 aa  192  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  45.49 
 
 		 274 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  42.02 
 
 		 472 aa  190  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.13 
 
 		 328 aa  187  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 238 aa  187  6e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  48.72 
 
 		 239 aa  186  7e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 242 aa  184  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 242 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  40.17 
 
 		 638 aa  183  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 242 aa  183  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 555 aa  181  4e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  47.08 
 
 		 238 aa  181  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 273 aa  180  7e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 243 aa  180  7e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  43.64 
 
 		 245 aa  179  9e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 266 aa  179  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 243 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 266 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  39.92 
 
 		 562 aa  178  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 516 aa  178  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 264 aa  177  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 624 aa  177  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.21 
 
 		 556 aa  175  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.51 
 
 		 567 aa  174  5e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  45.31 
 
 		 255 aa  173  9e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 694 aa  172  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 240 aa  169  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 239 aa  168  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 241 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 274 aa  167  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 249 aa  167  5.9999999999999996e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  42.69 
 
 		 252 aa  167  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  42.69 
 
 		 252 aa  167  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39 
 
 		 255 aa  166  6.9999999999999995e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  44.76 
 
 		 251 aa  166  8e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 236 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  41.95 
 
 		 239 aa  166  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 245 aa  165  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 245 aa  165  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  37.6 
 
 		 621 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  42.63 
 
 		 292 aa  163  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 239 aa  163  7e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 253 aa  163  9e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 728 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 236 aa  162  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  39.83 
 
 		 245 aa  162  1e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  40.89 
 
 		 250 aa  161  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  43.8 
 
 		 243 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 238 aa  158  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 426 aa  158  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 250 aa  156  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  43.85 
 
 		 268 aa  156  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 260 aa  156  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  37.97 
 
 		 252 aa  155  1e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 379 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 248 aa  155  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  38.66 
 
 		 387 aa  155  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 244 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 249 aa  154  2.9999999999999998e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  39.18 
 
 		 403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  46.91 
 
 		 250 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  26.7 
 
 		 477 aa  154  5e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 269 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.75 
 
 		 489 aa  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  39.18 
 
 		 406 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 236 aa  152  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 239 aa  151  3e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 243 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 247 aa  150  5e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 236 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.55 
 
 		 466 aa  150  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.45 
 
 		 502 aa  150  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.6 
 
 		 513 aa  150  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 237 aa  149  9e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 252 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.96 
 
 		 457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 554 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>