82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3436 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3436  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  303  6e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00123738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3498  protein of unknown function DUF721  93.33 
 
 
153 aa  285  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.68574e-33 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2875  hypothetical protein  52.45 
 
 
162 aa  155  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0140441  hitchhiker  1.88483e-05 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0638  hypothetical protein  48.63 
 
 
159 aa  141  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3768  hypothetical protein  45.16 
 
 
152 aa  140  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00373156  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1102  hypothetical protein  37.16 
 
 
155 aa  102  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  5.65832e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2445  hypothetical protein  40 
 
 
156 aa  76.3  1e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  4.8803e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2226  hypothetical protein  29.08 
 
 
168 aa  73.6  9e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.16141e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0005  hypothetical protein  28.69 
 
 
300 aa  66.2  1e-10  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0643796  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3330  hypothetical protein  41.18 
 
 
149 aa  63.5  9e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0005  hypothetical protein  36.99 
 
 
190 aa  63.2  1e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0005  hypothetical protein  36.99 
 
 
190 aa  63.2  1e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.935209  normal  0.0649143 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0013  hypothetical protein  36.99 
 
 
190 aa  63.2  1e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.104942 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0008  protein of unknown function DUF721  31.91 
 
 
180 aa  62.8  2e-09  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0823  hypothetical protein  30.85 
 
 
188 aa  61.2  5e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0004  protein of unknown function DUF721  36.17 
 
 
184 aa  59.3  2e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0005  hypothetical protein  29.79 
 
 
185 aa  59.3  2e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731239  normal  0.310544 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1621  hypothetical protein  35.71 
 
 
287 aa  56.6  1e-07  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.238182 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1548  protein of unknown function DUF721  29.82 
 
 
160 aa  56.2  1e-07  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0658767  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10004  hypothetical protein  27.37 
 
 
187 aa  54.7  4e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0005  protein of unknown function DUF721  31.52 
 
 
179 aa  54.3  6e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0004  hypothetical protein  30.11 
 
 
97 aa  53.9  8e-07  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.52078  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2009  hypothetical protein  31.18 
 
 
97 aa  53.1  1e-06  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00040  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  29.79 
 
 
187 aa  53.1  1e-06  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0005  hypothetical protein  28.44 
 
 
183 aa  53.1  1e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0232127  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0544  hypothetical protein  35.38 
 
 
86 aa  52.4  2e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.77054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1433  Zn-ribbon-containing RNA-binding protein  38.1 
 
 
156 aa  52.8  2e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00040  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  32.98 
 
 
266 aa  51.2  4e-06  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.221602  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0004  hypothetical protein  29.03 
 
 
97 aa  51.6  4e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0005  hypothetical protein  30.67 
 
 
173 aa  50.8  6e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0499719  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0005  hypothetical protein  26.6 
 
 
134 aa  50.4  8e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.918474  normal  0.25905 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3502  protein of unknown function DUF721  24.68 
 
 
170 aa  49.7  1e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.428989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0006  Zn-ribbon-containing possibly RNA-binding protein and truncated derivatives-like protein  29.33 
 
 
206 aa  50.1  1e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358663  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0003  hypothetical protein  29.03 
 
 
97 aa  50.1  1e-05  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.179596  normal  0.528651 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0005  protein of unknown function DUF721  26.6 
 
 
217 aa  48.9  2e-05  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382214 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  34.04 
 
 
217 aa  49.3  2e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00080644  normal  0.335319 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  36.11 
 
 
196 aa  48.9  2e-05  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0005  hypothetical protein  36.23 
 
 
185 aa  48.5  3e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.342856  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2350  hypothetical protein  25.86 
 
 
153 aa  48.1  4e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000367866  normal  0.0123481 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  29.73 
 
 
196 aa  47.8  5e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0004  protein of unknown function DUF721  29.58 
 
 
286 aa  47.4  6e-05  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000131484  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2267  hypothetical protein  28.57 
 
 
198 aa  47.8  6e-05  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0005  hypothetical protein  29.33 
 
 
177 aa  47.8  6e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0005  hypothetical protein  25.53 
 
 
201 aa  47.8  6e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  1.27236e-08 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0005  hypothetical protein  34.92 
 
 
188 aa  47.8  6e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0005  hypothetical protein  34.92 
 
 
273 aa  47.4  7e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0987513  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0006  hypothetical protein  25.53 
 
 
198 aa  47  8e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00159718  hitchhiker  0.00351653 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0005  protein of unknown function DUF721  32.94 
 
 
172 aa  47  9e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44696  normal  0.799003 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0005  protein of unknown function DUF721  34.78 
 
 
185 aa  47  9e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.06889e-13 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0095  Zn-ribbon-containing protein  33.33 
 
 
101 aa  46.2  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00142092  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0095  hypothetical protein  34.85 
 
 
101 aa  46.6  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.437017  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0005  protein of unknown function DUF721  34.04 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00151548  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0005  protein of unknown function DUF721  30.85 
 
 
173 aa  45.8  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0004  protein of unknown function DUF721  30.53 
 
 
105 aa  45.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0042  hypothetical protein  27.66 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0004  hypothetical protein  29.67 
 
 
97 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0005  protein of unknown function DUF721  25 
 
 
166 aa  45.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0005  protein of unknown function DUF721  27.66 
 
 
207 aa  45.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0747  hypothetical protein  28.89 
 
 
171 aa  44.7  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.301449  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4691  hypothetical protein  32.5 
 
 
197 aa  45.1  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.165026  normal  0.387608 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4401  hypothetical protein  32.71 
 
 
153 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1383  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2306  protein of unknown function DUF721  29.46 
 
 
175 aa  44.3  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1602  protein of unknown function DUF721  28.45 
 
 
168 aa  43.9  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0552613 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3136  hypothetical protein  34.38 
 
 
175 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0004  hypothetical protein  22.58 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.132864 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0005  protein of unknown function DUF721  24.47 
 
 
188 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6940  hypothetical protein  25.48 
 
 
161 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0766  hypothetical protein  28.1 
 
 
172 aa  42.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0959  hypothetical protein  25.5 
 
 
189 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0951  hypothetical protein  33.98 
 
 
151 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166342  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0164  hypothetical protein  33.87 
 
 
185 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0005  protein of unknown function DUF721  27.66 
 
 
171 aa  42  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4505  hypothetical protein  31.07 
 
 
151 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  normal  0.62283 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1344  hypothetical protein  31.07 
 
 
209 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444258  decreased coverage  6.72782e-05 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0004  hypothetical protein  31.75 
 
 
164 aa  41.6  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4380  hypothetical protein  31.07 
 
 
209 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0506505  normal  0.0887943 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2709  protein of unknown function DUF721  25.53 
 
 
106 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1258  hypothetical protein  26.92 
 
 
169 aa  41.2  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2563  protein of unknown function DUF721  29.11 
 
 
178 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0004  hypothetical protein  33.87 
 
 
102 aa  40.4  0.009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.301106  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0587  hypothetical protein  33.33 
 
 
173 aa  40.4  0.009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.683361  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0055  protein of unknown function DUF721  23.7 
 
 
271 aa  40.4  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>