57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0042 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0042  hypothetical protein  100 
 
 		 155 aa  313  4e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1433  Zn-ribbon-containing RNA-binding protein  43.33 
 
 		 156 aa  140  5e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  39.82 
 
 		 196 aa  91.3  4e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0005  protein of unknown function DUF721  37.89 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0005  hypothetical protein  33.96 
 
 		 190 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0005  hypothetical protein  33.96 
 
 		 190 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.935209  normal  0.0649143 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0013  hypothetical protein  33.96 
 
 		 190 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.104942 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0005  protein of unknown function DUF721  30.16 
 
 		 185 aa  74.7  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000106889 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0005  hypothetical protein  29.51 
 
 		 185 aa  74.3  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.342856  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0008  protein of unknown function DUF721  31.25 
 
 		 180 aa  73.6  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0005  protein of unknown function DUF721  35.79 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  29.7 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0005  protein of unknown function DUF721  32.38 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0005  hypothetical protein  28.23 
 
 		 185 aa  70.5  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731239  normal  0.310544 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00040  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  31.75 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.221602  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0005  protein of unknown function DUF721  30.65 
 
 		 217 aa  69.7  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382214 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0005  hypothetical protein  32.98 
 
 		 173 aa  70.1  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0499719  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0823  hypothetical protein  31.07 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0005  protein of unknown function DUF721  30 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0005  hypothetical protein  31.58 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10004  hypothetical protein  30.33 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0005  hypothetical protein  27.19 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.918474  normal  0.25905 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0004  protein of unknown function DUF721  32.63 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00476655  normal  0.0907524 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00040  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  30 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0004  hypothetical protein  32.71 
 
 		 164 aa  67.4  0.00000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0005  protein of unknown function DUF721  27.27 
 
 		 179 aa  67.4  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0005  protein of unknown function DUF721  31.43 
 
 		 171 aa  67  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0005  hypothetical protein  29.9 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0232127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0004  protein of unknown function DUF721  30.33 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0005  protein of unknown function DUF721  28.8 
 
 		 172 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44696  normal  0.799003 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  35.58 
 
 		 217 aa  64.7  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00080644  normal  0.335319 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0005  protein of unknown function DUF721  34.29 
 
 		 143 aa  63.9  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00151548  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0006  Zn-ribbon-containing possibly RNA-binding protein and truncated derivatives-like protein  27.72 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0005  hypothetical protein  29.9 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000127236 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0006  hypothetical protein  28.3 
 
 		 198 aa  61.2  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00159718  hitchhiker  0.00351653 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0005  hypothetical protein  34.38 
 
 		 273 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0987513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0005  hypothetical protein  29.57 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0005  protein of unknown function DUF721  26.6 
 
 		 117 aa  50.8  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444406 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0004  hypothetical protein  28.89 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.52078  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3330  hypothetical protein  35.38 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06201  hypothetical protein  28.72 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0388112 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3436  hypothetical protein  27.66 
 
 		 151 aa  45.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00123738  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0004  hypothetical protein  29.21 
 
 		 97 aa  45.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0004  hypothetical protein  25.26 
 
 		 102 aa  45.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.301106  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1102  hypothetical protein  27.27 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000565832  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0004  protein of unknown function DUF721  26.32 
 
 		 105 aa  45.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3498  protein of unknown function DUF721  34.92 
 
 		 153 aa  44.3  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.68574e-33 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0095  Zn-ribbon-containing protein  37.18 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00142092  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1548  protein of unknown function DUF721  39.22 
 
 		 160 aa  44.3  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0658767  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0003  hypothetical protein  27.78 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.179596  normal  0.528651 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0095  hypothetical protein  28.57 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.437017  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0005  hypothetical protein  28 
 
 		 300 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0643796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2350  hypothetical protein  24.72 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000367866  normal  0.0123481 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3768  hypothetical protein  38.98 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00373156  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0672  hypothetical protein  23.91 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1777  hypothetical protein  25.61 
 
 		 188 aa  40.8  0.007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0587  hypothetical protein  27.59 
 
 		 173 aa  40.4  0.01  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>