More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0237 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 377 aa  762    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  98.67 
 
 		 377 aa  754    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  65.18 
 
 		 409 aa  496  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  53.87 
 
 		 381 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  54.55 
 
 		 382 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  50.67 
 
 		 382 aa  342  4e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  45.55 
 
 		 381 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  45.05 
 
 		 382 aa  310  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  45.33 
 
 		 375 aa  297  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  37.28 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  36.56 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  36.56 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  38.24 
 
 		 296 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  40.66 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  34.48 
 
 		 391 aa  169  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  30.94 
 
 		 352 aa  162  9e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  30.23 
 
 		 381 aa  160  4e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  31.39 
 
 		 386 aa  159  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  31.28 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  29.67 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.95 
 
 		 382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  29.08 
 
 		 384 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  29.62 
 
 		 392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.32 
 
 		 385 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  32.98 
 
 		 385 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  32.98 
 
 		 385 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  28.8 
 
 		 384 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  31.84 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  31.84 
 
 		 385 aa  150  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  30.36 
 
 		 388 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  31.44 
 
 		 392 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  29.59 
 
 		 382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  28.8 
 
 		 423 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  29.33 
 
 		 383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  27.84 
 
 		 399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  34.41 
 
 		 385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  31.32 
 
 		 385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  29.04 
 
 		 382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  30.1 
 
 		 386 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  30.25 
 
 		 393 aa  143  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  28.8 
 
 		 379 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  31.15 
 
 		 377 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  30.87 
 
 		 377 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  29.28 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  27.99 
 
 		 396 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.08 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  27.86 
 
 		 388 aa  140  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  29.84 
 
 		 392 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.44 
 
 		 381 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  29.44 
 
 		 381 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  32.1 
 
 		 396 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  31.17 
 
 		 377 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  30.89 
 
 		 377 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  29.78 
 
 		 427 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  28.8 
 
 		 395 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  30.05 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  33.33 
 
 		 408 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  30.05 
 
 		 377 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  30.61 
 
 		 386 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  30.85 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  30.46 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  28.14 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  33.6 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  27.6 
 
 		 395 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  31.37 
 
 		 401 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  26.78 
 
 		 405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  28.8 
 
 		 384 aa  130  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  28.8 
 
 		 384 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  30.06 
 
 		 389 aa  129  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  33.59 
 
 		 371 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  27.68 
 
 		 393 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  25 
 
 		 392 aa  126  7e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  30 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  30 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  30 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  31.91 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  30 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  31.44 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68661  ribosomal RNA processing 3'-5' exonuclease  31.65 
 
 		 792 aa  124  3e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0460468 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  32.34 
 
 		 403 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  28.8 
 
 		 394 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  26.46 
 
 		 391 aa  123  5e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  27.45 
 
 		 374 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  30.65 
 
 		 375 aa  122  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  29.18 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC03940  PM-scl autoantigen, putative  33.21 
 
 		 1016 aa  120  3e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  28.84 
 
 		 377 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  29.11 
 
 		 384 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  29.11 
 
 		 384 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  30 
 
 		 437 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  29.08 
 
 		 388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  29.03 
 
 		 377 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  29.45 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  28.67 
 
 		 499 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  29.11 
 
 		 400 aa  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  27.87 
 
 		 377 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  29.16 
 
 		 384 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  27.73 
 
 		 396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  28.28 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  30.32 
 
 		 437 aa  116  6e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>