More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0004 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  81.94 
 
 
374 aa  650    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  100 
 
 
372 aa  769    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  66.03 
 
 
375 aa  524  1e-148  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  66.03 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  522  1e-147  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  66.03 
 
 
375 aa  523  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  65.76 
 
 
375 aa  523  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  66.03 
 
 
373 aa  520  1e-146  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  56.91 
 
 
371 aa  443  1e-123  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  56.72 
 
 
370 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  56.72 
 
 
370 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  53.66 
 
 
374 aa  419  1e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  52.99 
 
 
374 aa  403  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  46.36 
 
 
374 aa  360  3e-98  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  46.36 
 
 
373 aa  357  1.9999999999999998e-97  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  43.9 
 
 
369 aa  327  3e-88  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  45.92 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  45.11 
 
 
366 aa  316  4e-85  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.7 
 
 
371 aa  296  3e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  41.62 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.55 
 
 
386 aa  287  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  39.35 
 
 
361 aa  276  3e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  39.35 
 
 
361 aa  276  3e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.32 
 
 
360 aa  271  1e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  40.65 
 
 
371 aa  270  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  38.69 
 
 
369 aa  263  4.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.19 
 
 
376 aa  255  8e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.8 
 
 
365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  38.92 
 
 
371 aa  252  9.000000000000001e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.93 
 
 
372 aa  249  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  36.57 
 
 
392 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  35.77 
 
 
364 aa  238  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  36.36 
 
 
365 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.95 
 
 
365 aa  232  6e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.76 
 
 
364 aa  232  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  36.04 
 
 
364 aa  228  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  36.22 
 
 
370 aa  228  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  38.48 
 
 
384 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.76 
 
 
360 aa  223  3e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  38.27 
 
 
376 aa  220  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  34.19 
 
 
398 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  36.36 
 
 
386 aa  217  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  38.79 
 
 
380 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  38.79 
 
 
380 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  37.56 
 
 
390 aa  213  3.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  33.6 
 
 
362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.44 
 
 
370 aa  212  7.999999999999999e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  34.34 
 
 
369 aa  208  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  40.43 
 
 
387 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.12 
 
 
382 aa  207  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 
359 aa  204  1e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  35.09 
 
 
377 aa  203  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.64 
 
 
362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  36.58 
 
 
352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  34.45 
 
 
394 aa  199  9e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.62 
 
 
368 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  31.73 
 
 
404 aa  195  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.76 
 
 
377 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  33.53 
 
 
365 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  37.94 
 
 
377 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32.11 
 
 
387 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.66 
 
 
397 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.36 
 
 
390 aa  188  1e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  33.15 
 
 
378 aa  188  2e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  34.18 
 
 
368 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.9 
 
 
363 aa  186  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.49 
 
 
365 aa  186  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.75 
 
 
415 aa  186  6e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.72 
 
 
385 aa  186  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1145  recombination protein F  34.88 
 
 
348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  33.14 
 
 
371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20191  recombination protein F  34.99 
 
 
348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  33.51 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  32.88 
 
 
365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  31.49 
 
 
395 aa  184  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.96 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  32.8 
 
 
366 aa  182  6e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  34.37 
 
 
373 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
420 aa  180  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  30.87 
 
 
390 aa  181  2.9999999999999997e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
397 aa  181  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.61 
 
 
401 aa  179  5.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.08 
 
 
374 aa  179  7e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  31.12 
 
 
401 aa  179  7e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.04 
 
 
358 aa  179  8e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.07 
 
 
381 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0394  recombination protein F  35.67 
 
 
364 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  29.37 
 
 
370 aa  177  2e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.71 
 
 
370 aa  177  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  30.96 
 
 
402 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  30.95 
 
 
399 aa  177  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.51 
 
 
399 aa  176  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.12 
 
 
372 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  31.97 
 
 
414 aa  176  6e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>