More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0003 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 365 aa  743    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.74 
 
 		 386 aa  263  2e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  40.22 
 
 		 374 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  41.09 
 
 		 375 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  41.09 
 
 		 375 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  41.09 
 
 		 375 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  40.8 
 
 		 375 aa  256  4e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  40.8 
 
 		 375 aa  256  5e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  40.8 
 
 		 375 aa  256  5e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  40.8 
 
 		 375 aa  256  5e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  40.8 
 
 		 375 aa  256  5e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  40.52 
 
 		 375 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  40.8 
 
 		 375 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  40.8 
 
 		 372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.45 
 
 		 360 aa  253  3e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  37.9 
 
 		 374 aa  249  5e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  38.48 
 
 		 371 aa  249  6e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  36.21 
 
 		 374 aa  249  6e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  37.98 
 
 		 361 aa  246  4e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  37.98 
 
 		 361 aa  246  4e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  39.94 
 
 		 373 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  39.6 
 
 		 369 aa  245  9.999999999999999e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  37.03 
 
 		 369 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  37.5 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  37.5 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.66 
 
 		 372 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  39.02 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  37.84 
 
 		 371 aa  233  5e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  38 
 
 		 366 aa  231  2e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  37.46 
 
 		 359 aa  225  9e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  35.8 
 
 		 374 aa  223  3e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.57 
 
 		 371 aa  219  5e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.1 
 
 		 373 aa  216  4e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  35.29 
 
 		 371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.86 
 
 		 392 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.02 
 
 		 376 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  33.87 
 
 		 398 aa  205  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.41 
 
 		 377 aa  205  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  37.39 
 
 		 370 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  33.52 
 
 		 365 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.14 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.9 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  33.06 
 
 		 362 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  35.38 
 
 		 370 aa  195  8.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  36.57 
 
 		 364 aa  195  9e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.97 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  33.43 
 
 		 364 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.33 
 
 		 372 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  33.14 
 
 		 369 aa  192  6e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.82 
 
 		 380 aa  192  6e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  35.85 
 
 		 365 aa  192  6e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  32.79 
 
 		 368 aa  192  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.1 
 
 		 399 aa  192  8e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  34.18 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  31.22 
 
 		 386 aa  190  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.59 
 
 		 362 aa  189  7e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.54 
 
 		 360 aa  189  9e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.61 
 
 		 397 aa  187  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  36.39 
 
 		 384 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  30.39 
 
 		 389 aa  186  6e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  30.42 
 
 		 377 aa  186  8e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.52 
 
 		 369 aa  185  9e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  31.18 
 
 		 380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  36.73 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  34.26 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  31.18 
 
 		 380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  31.18 
 
 		 380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  35.75 
 
 		 394 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  35.97 
 
 		 385 aa  184  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.41 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.38 
 
 		 390 aa  182  6e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32.89 
 
 		 387 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.95 
 
 		 379 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  29.01 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.56 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.81 
 
 		 397 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  37.57 
 
 		 390 aa  180  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.78 
 
 		 369 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.12 
 
 		 359 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 		 365 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.94 
 
 		 372 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  34.48 
 
 		 357 aa  179  7e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  30.65 
 
 		 401 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.05 
 
 		 358 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  34.29 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  30.47 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.67 
 
 		 378 aa  178  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  31.98 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  30.11 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 		 363 aa  177  4e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.18 
 
 		 374 aa  177  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  30 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  31.61 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  29.82 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  36.09 
 
 		 376 aa  172  5.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  29.55 
 
 		 420 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  30.4 
 
 		 371 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.08 
 
 		 381 aa  172  7.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  31.79 
 
 		 364 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  32.1 
 
 		 386 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>