More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCV52592_1113 on replicon NC_009715
Organism: Campylobacter curvus 525.92



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  100 
 
 
257 aa  520  1e-146  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  80.54 
 
 
257 aa  433  1e-120  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  77.95 
 
 
253 aa  412  1e-114  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1809  pseudouridine synthase, Rsu:RNA-binding S4:pseudouridine synthase  74.8 
 
 
254 aa  400  1e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.137789  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0003  RNA pseudouridine synthase family protein  68.11 
 
 
253 aa  361  6e-99  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000522631  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1878  RNA pseudouridylate synthase family protein  68.11 
 
 
253 aa  358  4e-98  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0266462  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2083  RNA pseudouridine synthase family protein  66.93 
 
 
253 aa  355  2.9999999999999997e-97  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447983  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0017  putative ribosomal pseudouridine synthase  67.72 
 
 
253 aa  355  2.9999999999999997e-97  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0065  RNA-binding S4 domain protein  57.37 
 
 
261 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0212  pseudouridine synthase, Rsu  50.4 
 
 
312 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
332 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  33.6 
 
 
268 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  35.51 
 
 
242 aa  137  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.96 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.29 
 
 
242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.1 
 
 
242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.29 
 
 
242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  34.69 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  34.69 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  34.29 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.69 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.69 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.69 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  31.84 
 
 
274 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.86 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  32.4 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.77 
 
 
235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.2 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  33.2 
 
 
379 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  31.1 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  35.19 
 
 
322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.78 
 
 
340 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  35.51 
 
 
243 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  34 
 
 
271 aa  128  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.82 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.75 
 
 
292 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  32.81 
 
 
243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  34.75 
 
 
292 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  32.03 
 
 
315 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  32.16 
 
 
250 aa  126  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  32.81 
 
 
417 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  33.47 
 
 
242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.53 
 
 
236 aa  125  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.19 
 
 
489 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
247 aa  125  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
508 aa  125  9e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  31.84 
 
 
273 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  33.76 
 
 
296 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  31.62 
 
 
553 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.62 
 
 
312 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  31.73 
 
 
554 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.05 
 
 
237 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.92 
 
 
236 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.38 
 
 
312 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  35.51 
 
 
243 aa  122  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  31.76 
 
 
736 aa  122  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.42 
 
 
620 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.83 
 
 
398 aa  122  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  32.13 
 
 
690 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  29.88 
 
 
238 aa  122  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.73 
 
 
380 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.9 
 
 
466 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  30.08 
 
 
239 aa  121  9e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.73 
 
 
586 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  35.63 
 
 
229 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.73 
 
 
572 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.73 
 
 
513 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  31.35 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  32.64 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.73 
 
 
502 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  31.73 
 
 
586 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  31.73 
 
 
572 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  31.73 
 
 
586 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  31.73 
 
 
554 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  31.73 
 
 
554 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  31.73 
 
 
554 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  31.73 
 
 
554 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  31.73 
 
 
554 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  35.06 
 
 
229 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.73 
 
 
615 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  31.67 
 
 
680 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  29.73 
 
 
268 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  35.22 
 
 
229 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  32.92 
 
 
287 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  29.73 
 
 
264 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  33.2 
 
 
236 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.78 
 
 
236 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.2 
 
 
249 aa  120  3e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  30.23 
 
 
274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.63 
 
 
229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  31.85 
 
 
587 aa  119  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  31.43 
 
 
422 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.73 
 
 
588 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  30.83 
 
 
598 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  31.73 
 
 
626 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  31.28 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.73 
 
 
633 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
286 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  32.64 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.38 
 
 
291 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>