More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5104 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5104  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
345 aa  699  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00214422 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3254  histone deacetylase superfamily protein  96.81 
 
 
345 aa  642  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.936877  normal  0.964119 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2947  histone deacetylase superfamily protein  91.88 
 
 
345 aa  612  1e-174  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2199  histone deacetylase superfamily protein  71.93 
 
 
343 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0414  acetylpolyamine aminohydrolase  61.92 
 
 
344 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174233  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04190  acetylpolyamine aminohydrolase  60.76 
 
 
344 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46230  acetylpolyamine aminohydrolase  59.25 
 
 
346 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.352014  normal  0.0157531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3930  acetylpolyamine aminohydrolase  58.67 
 
 
346 aa  405  1e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0133  histone deacetylase superfamily protein  57.73 
 
 
347 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.758877 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5249  histone deacetylase superfamily protein  56.56 
 
 
347 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122072  normal  0.307512 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0123  histone deacetylase superfamily protein  55.81 
 
 
342 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5340  histone deacetylase superfamily  56.27 
 
 
347 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.863251  hitchhiker  0.000438214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5631  histone deacetylase superfamily protein  55.98 
 
 
341 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.576277  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5389  histone deacetylase superfamily protein  56.27 
 
 
347 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.382979  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0475  histone deacetylase superfamily  51.9 
 
 
343 aa  358  6e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3834  histone deacetylase superfamily protein  52.31 
 
 
361 aa  353  2e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3527  acetylpolyamine aminohydrolase  54.36 
 
 
344 aa  343  4e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2841  histone deacetylase superfamily protein  56.4 
 
 
344 aa  338  9e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3112  Histone deacetylase  52.92 
 
 
343 aa  334  1e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.919523  normal  0.582775 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3171  histone deacetylase superfamily protein  54.94 
 
 
344 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.583419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4692  Histone deacetylase  54.73 
 
 
353 aa  325  6e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4260  histone deacetylase superfamily  50.44 
 
 
341 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2137  histone deacetylase superfamily protein  52.74 
 
 
358 aa  310  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00662532 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2707  histone deacetylase superfamily protein  50.57 
 
 
359 aa  308  1e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0331733  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1645  histone deacetylase superfamily  52.45 
 
 
345 aa  306  5e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1176  histone deacetylase superfamily protein  51.38 
 
 
342 aa  301  1e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4525  histone deacetylase superfamily  49.27 
 
 
341 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0601361 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2450  histone deacetylase superfamily protein  49.57 
 
 
356 aa  294  1e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191096  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1654  histone deacetylase superfamily protein  47.09 
 
 
341 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6484  acetylpolyamine aminohydrolase  47.09 
 
 
341 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1078  histone deacetylase superfamily protein  47.85 
 
 
346 aa  272  5e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0674  histone deacetylase superfamily protein  47.97 
 
 
346 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3805  histone deacetylase superfamily protein  47.56 
 
 
346 aa  269  7e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0375  histone deacetylase superfamily  46.15 
 
 
354 aa  263  4e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.239274  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1504  histone deacetylase superfamily  46.06 
 
 
341 aa  262  8e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.170648  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0416  histone deacetylase superfamily protein  44.67 
 
 
342 aa  261  9e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5227  Histone deacetylase  43.52 
 
 
342 aa  255  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2066  histone deacetylase superfamily protein  41.16 
 
 
342 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229511  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2856  histone deacetylase superfamily protein  44.24 
 
 
342 aa  240  3e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1813  histone deacetylase superfamily protein  39.3 
 
 
577 aa  236  5e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3178  histone deacetylase superfamily protein  38.87 
 
 
578 aa  230  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1621  histone deacetylase superfamily protein  39.23 
 
 
357 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1145  histone deacetylase superfamily  38.19 
 
 
582 aa  226  5e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3648  histone deacetylase superfamily protein  39.45 
 
 
337 aa  226  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4392  histone deacetylase superfamily protein  41.62 
 
 
340 aa  222  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0420  histone deacetylase superfamily protein  42.21 
 
 
353 aa  221  2e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1254  histone deacetylase superfamily protein  41.62 
 
 
340 aa  218  9e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0773  histone deacetylase superfamily protein  41.62 
 
 
340 aa  218  9e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493705  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1226  histone deacetylase superfamily protein  41.62 
 
 
340 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.300327 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1020  histone deacetylase superfamily protein  40.59 
 
 
368 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.283226  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1145  histone deacetylase superfamily protein  40.35 
 
 
340 aa  216  3e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.391107 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0250  acetylpolyamine aminohydrolase  42.65 
 
 
340 aa  215  1e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.730977  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1679  putative acetylpolyamine aminohydrolase  42.65 
 
 
340 aa  215  1e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1133  histone deacetylase superfamily protein  40.06 
 
 
340 aa  215  1e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1768  deacetylase  42.36 
 
 
340 aa  213  3e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.895977  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0789  histone deacetylase superfamily protein  38.22 
 
 
325 aa  212  6e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2035  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 
340 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12661  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1164  acetylpolyamine aminohydrolase  41.21 
 
 
340 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.027109  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1098  putative acetylpolyamine aminohydrolase  42.07 
 
 
340 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0943175  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0328  putative acetylpolyamine aminohydrolase  42.07 
 
 
340 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.249659  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0096  putative acetylpolyamine aminohydrolase  42.07 
 
 
340 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271818  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1265  putative acetylpolyamine aminohydrolase  42.07 
 
 
340 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.739183  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2062  histone deacetylase superfamily protein  42.52 
 
 
340 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3895  histone deacetylase superfamily protein  41.25 
 
 
341 aa  205  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1181  histone deacetylase superfamily protein  33.84 
 
 
315 aa  203  3e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.298276  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43919  predicted protein  34.81 
 
 
407 aa  192  1e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1157  acetylpolyamine aminohydrolase  41.04 
 
 
341 aa  190  3e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.470234  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1309  acetylpolyamine aminohydrolase  41.04 
 
 
341 aa  190  3e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1148  deacetylases  41.04 
 
 
341 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2219  acetylpolyamine aminohydrolase  41.04 
 
 
340 aa  189  6e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0703  acetylpolyamine aminohydrolase  41.04 
 
 
340 aa  189  6e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1612  histone deacetylase superfamily protein  45.26 
 
 
341 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.992447  hitchhiker  0.000235913 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2077  acetylpolyamine aminohydrolase  40.87 
 
 
340 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0145419  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2537  acetylpolyamine aminohydrolase  40.58 
 
 
340 aa  182  5e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0946  acetylpolyamine aminohydrolase  39.6 
 
 
340 aa  178  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0414216  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1949  histone deacetylase superfamily protein  42.29 
 
 
346 aa  166  8e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  43.48 
 
 
344 aa  159  5e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  42.11 
 
 
340 aa  155  9e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  42.31 
 
 
334 aa  154  3e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0929  histone deacetylase superfamily protein  38.29 
 
 
364 aa  146  5e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00399276  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2249  histone deacetylase superfamily  43.32 
 
 
336 aa  145  1e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0563  histone deacetylase superfamily  41.99 
 
 
335 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.349825  normal  0.347907 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1746  histone deacetylase superfamily protein  44.86 
 
 
336 aa  144  3e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.115562 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  32.92 
 
 
344 aa  140  4e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  40.83 
 
 
341 aa  139  5e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1348  histone deacetylase superfamily protein  34.09 
 
 
336 aa  138  1e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.104059 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1126  histone deacetylase superfamily protein  35.6 
 
 
336 aa  137  2e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.546018 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0609  histone deacetylase superfamily  40.55 
 
 
328 aa  138  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  41.41 
 
 
326 aa  137  3e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3248  histone deacetylase superfamily protein  42.06 
 
 
369 aa  136  6e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000895974 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  35.65 
 
 
322 aa  134  2e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  32.58 
 
 
306 aa  134  2e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0381  histone deacetylase superfamily protein  40.74 
 
 
336 aa  133  5e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0601969 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1031  histone deacetylase superfamily  34.35 
 
 
438 aa  132  8e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0643  histone deacetylase superfamily  31.9 
 
 
379 aa  129  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000282204  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0085  Histone deacetylase  37.11 
 
 
378 aa  129  9e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.127732  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1405  histone deacetylase superfamily protein  39.3 
 
 
478 aa  129  1e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.859929  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0844  histone deacetylase superfamily  38.74 
 
 
309 aa  128  1e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0478  histone deacetylase superfamily protein  48.33 
 
 
342 aa  128  2e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.262897  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2656  putative acetylpolyamine aminohydrolase  37.3 
 
 
371 aa  128  2e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>