More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1621 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1621  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
357 aa  728    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0420  histone deacetylase superfamily protein  69.6 
 
 
353 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2035  histone deacetylase superfamily protein  46.72 
 
 
340 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12661  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0416  histone deacetylase superfamily protein  47.31 
 
 
342 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3648  histone deacetylase superfamily protein  43.75 
 
 
337 aa  310  4e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3895  histone deacetylase superfamily protein  46.42 
 
 
341 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2856  histone deacetylase superfamily protein  46.59 
 
 
342 aa  301  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5227  Histone deacetylase  45.22 
 
 
342 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4392  histone deacetylase superfamily protein  46.48 
 
 
340 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1226  histone deacetylase superfamily protein  47.44 
 
 
340 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.300327 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0773  histone deacetylase superfamily protein  47.16 
 
 
340 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1254  histone deacetylase superfamily protein  47.16 
 
 
340 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1145  histone deacetylase superfamily protein  47.04 
 
 
340 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.391107 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1133  histone deacetylase superfamily protein  47.04 
 
 
340 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2066  histone deacetylase superfamily protein  44.23 
 
 
342 aa  289  6e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229511  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2062  histone deacetylase superfamily protein  47.16 
 
 
340 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6484  acetylpolyamine aminohydrolase  44.51 
 
 
341 aa  282  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1654  histone deacetylase superfamily protein  43.75 
 
 
341 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0674  histone deacetylase superfamily protein  44.6 
 
 
346 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3930  acetylpolyamine aminohydrolase  42.82 
 
 
346 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1504  histone deacetylase superfamily  42.9 
 
 
341 aa  270  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.170648  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46230  acetylpolyamine aminohydrolase  43.09 
 
 
346 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.352014  normal  0.0157531 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0703  acetylpolyamine aminohydrolase  44.32 
 
 
340 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2219  acetylpolyamine aminohydrolase  44.32 
 
 
340 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0123  histone deacetylase superfamily protein  42.37 
 
 
342 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1309  acetylpolyamine aminohydrolase  45.45 
 
 
341 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1157  acetylpolyamine aminohydrolase  45.45 
 
 
341 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.470234  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0250  acetylpolyamine aminohydrolase  43.75 
 
 
340 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.730977  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1679  putative acetylpolyamine aminohydrolase  43.75 
 
 
340 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1768  deacetylase  44.57 
 
 
340 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.895977  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2077  acetylpolyamine aminohydrolase  44.16 
 
 
340 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0145419  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1148  deacetylases  45.17 
 
 
341 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1098  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.57 
 
 
340 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0943175  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0328  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.57 
 
 
340 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.249659  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0096  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.57 
 
 
340 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271818  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1265  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.57 
 
 
340 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.739183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2537  acetylpolyamine aminohydrolase  43.87 
 
 
340 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0133  histone deacetylase superfamily protein  42.66 
 
 
347 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.758877 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1020  histone deacetylase superfamily protein  39.77 
 
 
368 aa  260  3e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.283226  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5631  histone deacetylase superfamily protein  42.37 
 
 
341 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.576277  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5340  histone deacetylase superfamily  42.62 
 
 
347 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.863251  hitchhiker  0.000438214 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1164  acetylpolyamine aminohydrolase  41.97 
 
 
340 aa  257  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.027109  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5249  histone deacetylase superfamily protein  42.37 
 
 
347 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122072  normal  0.307512 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3834  histone deacetylase superfamily protein  39.83 
 
 
361 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0946  acetylpolyamine aminohydrolase  43.18 
 
 
340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0414216  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5389  histone deacetylase superfamily protein  41.81 
 
 
347 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.382979  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0375  histone deacetylase superfamily  42.55 
 
 
354 aa  245  9e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.239274  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04190  acetylpolyamine aminohydrolase  39.15 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0414  acetylpolyamine aminohydrolase  39.44 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174233  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1176  histone deacetylase superfamily protein  41.13 
 
 
342 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1078  histone deacetylase superfamily protein  40.44 
 
 
346 aa  238  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3527  acetylpolyamine aminohydrolase  40.17 
 
 
344 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2199  histone deacetylase superfamily protein  39.22 
 
 
343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3805  histone deacetylase superfamily protein  39.06 
 
 
346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1612  histone deacetylase superfamily protein  44.74 
 
 
341 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.992447  hitchhiker  0.000235913 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3112  Histone deacetylase  40.27 
 
 
343 aa  230  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.919523  normal  0.582775 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0475  histone deacetylase superfamily  36.72 
 
 
343 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4260  histone deacetylase superfamily  37.85 
 
 
341 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2947  histone deacetylase superfamily protein  38.98 
 
 
345 aa  225  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3171  histone deacetylase superfamily protein  40.17 
 
 
344 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.583419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2841  histone deacetylase superfamily protein  40.45 
 
 
344 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2707  histone deacetylase superfamily protein  40.17 
 
 
359 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0331733  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4525  histone deacetylase superfamily  38.59 
 
 
341 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0601361 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1645  histone deacetylase superfamily  39.55 
 
 
345 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3254  histone deacetylase superfamily protein  38.95 
 
 
345 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.936877  normal  0.964119 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2137  histone deacetylase superfamily protein  39.61 
 
 
358 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00662532 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2450  histone deacetylase superfamily protein  40.17 
 
 
356 aa  211  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191096  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5104  histone deacetylase superfamily protein  39.23 
 
 
345 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00214422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4692  Histone deacetylase  41.46 
 
 
353 aa  209  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1813  histone deacetylase superfamily protein  37.95 
 
 
577 aa  208  1e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3178  histone deacetylase superfamily protein  39.86 
 
 
578 aa  193  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1145  histone deacetylase superfamily  35.47 
 
 
582 aa  189  5e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0789  histone deacetylase superfamily protein  30.41 
 
 
325 aa  171  1e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1181  histone deacetylase superfamily protein  31.65 
 
 
315 aa  162  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.298276  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43919  predicted protein  35.08 
 
 
407 aa  158  2e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  42.52 
 
 
334 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  40.35 
 
 
344 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  39.82 
 
 
340 aa  153  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0801  deacetylase / acetylpolyamine aminohydrolase  42.2 
 
 
379 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2459  histone deacetylase superfamily protein  41.74 
 
 
379 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.08307 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0378  histone deacetylase superfamily protein  43.58 
 
 
365 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316614  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3248  histone deacetylase superfamily protein  40.79 
 
 
369 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000895974 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1137  Histone deacetylase  34.88 
 
 
385 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3125  histone deacetylase superfamily  34.55 
 
 
385 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0085  Histone deacetylase  40.1 
 
 
378 aa  143  5e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.127732  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3860  Histone deacetylase  40.87 
 
 
372 aa  143  5e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.175047  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1739  histone deacetylase superfamily protein  35.77 
 
 
385 aa  143  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0616  histone deacetylase superfamily protein  39.18 
 
 
370 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  36.48 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  41 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1949  histone deacetylase superfamily protein  43.93 
 
 
346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  37.5 
 
 
385 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2656  putative acetylpolyamine aminohydrolase  41.28 
 
 
371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1031  histone deacetylase superfamily  37.56 
 
 
438 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15260  putative acetylpolyamine aminohydrolase  40.59 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0390858  hitchhiker  0.0000000000262427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1276  histone deacetylase superfamily protein  38.14 
 
 
370 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0643  histone deacetylase superfamily  34.25 
 
 
379 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000282204  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1954  histone deacetylase superfamily protein  39.43 
 
 
369 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00466177  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  35.91 
 
 
322 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  38.12 
 
 
344 aa  135  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>