More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2199 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2199  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 343 aa  711    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2947  histone deacetylase superfamily protein  72.22 
 
 		 345 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3254  histone deacetylase superfamily protein  70.76 
 
 		 345 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.936877  normal  0.964119 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5104  histone deacetylase superfamily protein  71.93 
 
 		 345 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00214422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0414  acetylpolyamine aminohydrolase  63.05 
 
 		 344 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174233  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04190  acetylpolyamine aminohydrolase  61.88 
 
 		 344 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5340  histone deacetylase superfamily  59.3 
 
 		 347 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.863251  hitchhiker  0.000438214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5249  histone deacetylase superfamily protein  59.59 
 
 		 347 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122072  normal  0.307512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0133  histone deacetylase superfamily protein  60.17 
 
 		 347 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.758877 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5389  histone deacetylase superfamily protein  59.59 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.382979  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46230  acetylpolyamine aminohydrolase  58.72 
 
 		 346 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.352014  normal  0.0157531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3930  acetylpolyamine aminohydrolase  58.72 
 
 		 346 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0123  histone deacetylase superfamily protein  57.73 
 
 		 342 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5631  histone deacetylase superfamily protein  57.02 
 
 		 341 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.576277  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0475  histone deacetylase superfamily  52.49 
 
 		 343 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3834  histone deacetylase superfamily protein  52.79 
 
 		 361 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3527  acetylpolyamine aminohydrolase  52.02 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2841  histone deacetylase superfamily protein  53.6 
 
 		 344 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3112  Histone deacetylase  52.19 
 
 		 343 aa  332  8e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.919523  normal  0.582775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4692  Histone deacetylase  51.88 
 
 		 353 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3171  histone deacetylase superfamily protein  52.6 
 
 		 344 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.583419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4260  histone deacetylase superfamily  50.58 
 
 		 341 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1176  histone deacetylase superfamily protein  49.56 
 
 		 342 aa  319  6e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1645  histone deacetylase superfamily  50.76 
 
 		 345 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2137  histone deacetylase superfamily protein  50.76 
 
 		 358 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00662532 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2707  histone deacetylase superfamily protein  47.44 
 
 		 359 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0331733  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4525  histone deacetylase superfamily  48.83 
 
 		 341 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0601361 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2450  histone deacetylase superfamily protein  47.54 
 
 		 356 aa  300  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6484  acetylpolyamine aminohydrolase  46.09 
 
 		 341 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1654  histone deacetylase superfamily protein  45.51 
 
 		 341 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3805  histone deacetylase superfamily protein  42.82 
 
 		 346 aa  259  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1078  histone deacetylase superfamily protein  43.39 
 
 		 346 aa  259  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0416  histone deacetylase superfamily protein  43.4 
 
 		 342 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0375  histone deacetylase superfamily  42.69 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.239274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1504  histone deacetylase superfamily  43.97 
 
 		 341 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.170648  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1813  histone deacetylase superfamily protein  42.23 
 
 		 577 aa  256  5e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0674  histone deacetylase superfamily protein  43.97 
 
 		 346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5227  Histone deacetylase  42.44 
 
 		 342 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2856  histone deacetylase superfamily protein  41.28 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1145  histone deacetylase superfamily  39.18 
 
 		 582 aa  241  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2066  histone deacetylase superfamily protein  39.83 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4392  histone deacetylase superfamily protein  41.03 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1621  histone deacetylase superfamily protein  39.22 
 
 		 357 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0773  histone deacetylase superfamily protein  41.03 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1254  histone deacetylase superfamily protein  41.03 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1226  histone deacetylase superfamily protein  41.03 
 
 		 340 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.300327 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3178  histone deacetylase superfamily protein  37.91 
 
 		 578 aa  229  5e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1145  histone deacetylase superfamily protein  40.17 
 
 		 340 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.391107 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1133  histone deacetylase superfamily protein  40.46 
 
 		 340 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0250  acetylpolyamine aminohydrolase  42.41 
 
 		 340 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.730977  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1679  putative acetylpolyamine aminohydrolase  42.41 
 
 		 340 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2035  histone deacetylase superfamily protein  40.24 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3895  histone deacetylase superfamily protein  40.59 
 
 		 341 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0328  putative acetylpolyamine aminohydrolase  41.83 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.249659  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1098  putative acetylpolyamine aminohydrolase  41.83 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0943175  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2062  histone deacetylase superfamily protein  40.74 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1265  putative acetylpolyamine aminohydrolase  41.83 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.739183  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0096  putative acetylpolyamine aminohydrolase  41.83 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271818  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1768  deacetylase  41.83 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.895977  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0420  histone deacetylase superfamily protein  38.14 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1020  histone deacetylase superfamily protein  39.58 
 
 		 368 aa  210  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.283226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3648  histone deacetylase superfamily protein  39.72 
 
 		 337 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1164  acetylpolyamine aminohydrolase  40.11 
 
 		 340 aa  209  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.027109  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0789  histone deacetylase superfamily protein  36.54 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43919  predicted protein  36.04 
 
 		 407 aa  205  8e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1309  acetylpolyamine aminohydrolase  39.83 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1157  acetylpolyamine aminohydrolase  39.83 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.470234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1148  deacetylases  39.83 
 
 		 341 aa  203  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1612  histone deacetylase superfamily protein  45.22 
 
 		 341 aa  202  9e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.992447  hitchhiker  0.000235913 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1181  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.298276  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0703  acetylpolyamine aminohydrolase  39.83 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2219  acetylpolyamine aminohydrolase  39.83 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2077  acetylpolyamine aminohydrolase  39.54 
 
 		 340 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0145419  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2537  acetylpolyamine aminohydrolase  39.54 
 
 		 340 aa  195  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0946  acetylpolyamine aminohydrolase  38.26 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0414216  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1949  histone deacetylase superfamily protein  39.82 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0609  histone deacetylase superfamily  40.25 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  41.82 
 
 		 334 aa  146  6e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  37.44 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  38.68 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  39.83 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0929  histone deacetylase superfamily protein  34.68 
 
 		 364 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00399276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0616  histone deacetylase superfamily protein  37.97 
 
 		 370 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15260  putative acetylpolyamine aminohydrolase  39.41 
 
 		 380 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0390858  hitchhiker  0.0000000000262427 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  33.19 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  38.16 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2656  putative acetylpolyamine aminohydrolase  37.45 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0563  histone deacetylase superfamily  37.5 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.349825  normal  0.347907 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1126  histone deacetylase superfamily protein  36.65 
 
 		 336 aa  133  6e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.546018 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0378  histone deacetylase superfamily protein  40.85 
 
 		 365 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5232  histone deacetylase superfamily protein  37.45 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6148  histone deacetylase superfamily protein  37.29 
 
 		 369 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7122  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1931  histone deacetylase superfamily protein  37.29 
 
 		 369 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1348  histone deacetylase superfamily protein  37.79 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.104059 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  34.33 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1137  histone deacetylase family protein  37.1 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0262  histone deacetylase superfamily protein  38.39 
 
 		 331 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  34.91 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1954  histone deacetylase superfamily protein  37.29 
 
 		 369 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00466177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0594  histone deacetylase superfamily protein  38.5 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>