More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0123 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0123  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 342 aa  707    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5631  histone deacetylase superfamily protein  81.47 
 
 		 341 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.576277  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5249  histone deacetylase superfamily protein  78.36 
 
 		 347 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122072  normal  0.307512 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5340  histone deacetylase superfamily  78.07 
 
 		 347 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.863251  hitchhiker  0.000438214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0133  histone deacetylase superfamily protein  77.94 
 
 		 347 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.758877 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5389  histone deacetylase superfamily protein  78.95 
 
 		 347 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.382979  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46230  acetylpolyamine aminohydrolase  72.09 
 
 		 346 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.352014  normal  0.0157531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3930  acetylpolyamine aminohydrolase  72.09 
 
 		 346 aa  510  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04190  acetylpolyamine aminohydrolase  68.91 
 
 		 344 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0414  acetylpolyamine aminohydrolase  67.84 
 
 		 344 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174233  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3834  histone deacetylase superfamily protein  57.48 
 
 		 361 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0475  histone deacetylase superfamily  54.55 
 
 		 343 aa  401  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2199  histone deacetylase superfamily protein  57.73 
 
 		 343 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3112  Histone deacetylase  55.85 
 
 		 343 aa  380  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.919523  normal  0.582775 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2947  histone deacetylase superfamily protein  55.81 
 
 		 345 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5104  histone deacetylase superfamily protein  55.81 
 
 		 345 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00214422 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3254  histone deacetylase superfamily protein  55.52 
 
 		 345 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.936877  normal  0.964119 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4260  histone deacetylase superfamily  49.71 
 
 		 341 aa  348  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1645  histone deacetylase superfamily  52.74 
 
 		 345 aa  346  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2450  histone deacetylase superfamily protein  52.46 
 
 		 356 aa  346  4e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3527  acetylpolyamine aminohydrolase  50.44 
 
 		 344 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2137  histone deacetylase superfamily protein  52.16 
 
 		 358 aa  342  5e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00662532 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2707  histone deacetylase superfamily protein  50.14 
 
 		 359 aa  338  8e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0331733  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4525  histone deacetylase superfamily  49.71 
 
 		 341 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0601361 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1176  histone deacetylase superfamily protein  49.42 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2841  histone deacetylase superfamily protein  51.17 
 
 		 344 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.540777 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3171  histone deacetylase superfamily protein  51.03 
 
 		 344 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.583419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4692  Histone deacetylase  51.45 
 
 		 353 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0375  histone deacetylase superfamily  46.84 
 
 		 354 aa  291  1e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.239274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3805  histone deacetylase superfamily protein  46.82 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1078  histone deacetylase superfamily protein  46.24 
 
 		 346 aa  281  9e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5227  Histone deacetylase  43.44 
 
 		 342 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2066  histone deacetylase superfamily protein  43.27 
 
 		 342 aa  271  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2035  histone deacetylase superfamily protein  43.77 
 
 		 340 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1621  histone deacetylase superfamily protein  42.37 
 
 		 357 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0416  histone deacetylase superfamily protein  42.69 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6484  acetylpolyamine aminohydrolase  43.73 
 
 		 341 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1145  histone deacetylase superfamily protein  42.53 
 
 		 340 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.391107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3895  histone deacetylase superfamily protein  42.18 
 
 		 341 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4392  histone deacetylase superfamily protein  41.95 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0773  histone deacetylase superfamily protein  42.03 
 
 		 340 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1254  histone deacetylase superfamily protein  42.03 
 
 		 340 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1133  histone deacetylase superfamily protein  42.98 
 
 		 340 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1226  histone deacetylase superfamily protein  41.74 
 
 		 340 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.300327 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2062  histone deacetylase superfamily protein  43.39 
 
 		 340 aa  252  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1654  histone deacetylase superfamily protein  42.23 
 
 		 341 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3648  histone deacetylase superfamily protein  40.12 
 
 		 337 aa  249  7e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2856  histone deacetylase superfamily protein  41.23 
 
 		 342 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1020  histone deacetylase superfamily protein  42.06 
 
 		 368 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.283226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1504  histone deacetylase superfamily  42.03 
 
 		 341 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.170648  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1679  putative acetylpolyamine aminohydrolase  43.55 
 
 		 340 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0250  acetylpolyamine aminohydrolase  43.55 
 
 		 340 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.730977  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1813  histone deacetylase superfamily protein  38.64 
 
 		 577 aa  241  1e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1145  histone deacetylase superfamily  40.82 
 
 		 582 aa  239  5e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0328  putative acetylpolyamine aminohydrolase  43.27 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.249659  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0096  putative acetylpolyamine aminohydrolase  43.27 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.271818  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0674  histone deacetylase superfamily protein  41.69 
 
 		 346 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1098  putative acetylpolyamine aminohydrolase  43.27 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0943175  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1265  putative acetylpolyamine aminohydrolase  43.27 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.739183  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1768  deacetylase  42.98 
 
 		 340 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.895977  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1164  acetylpolyamine aminohydrolase  42.41 
 
 		 340 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.027109  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3178  histone deacetylase superfamily protein  38.32 
 
 		 578 aa  233  5e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1309  acetylpolyamine aminohydrolase  40.87 
 
 		 341 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1157  acetylpolyamine aminohydrolase  40.87 
 
 		 341 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.470234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1148  deacetylases  40.87 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0420  histone deacetylase superfamily protein  38.75 
 
 		 353 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1612  histone deacetylase superfamily protein  42.6 
 
 		 341 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.992447  hitchhiker  0.000235913 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2219  acetylpolyamine aminohydrolase  40.87 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0703  acetylpolyamine aminohydrolase  40.87 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2077  acetylpolyamine aminohydrolase  40.7 
 
 		 340 aa  222  9e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0145419  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2537  acetylpolyamine aminohydrolase  40.41 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0946  acetylpolyamine aminohydrolase  40.52 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0414216  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0789  histone deacetylase superfamily protein  34.95 
 
 		 325 aa  202  6e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43919  predicted protein  39.38 
 
 		 407 aa  199  6e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1181  histone deacetylase superfamily protein  34.46 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.298276  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  41.41 
 
 		 340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  39.67 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2656  putative acetylpolyamine aminohydrolase  34.81 
 
 		 371 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  33.95 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1949  histone deacetylase superfamily protein  35.84 
 
 		 346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0563  histone deacetylase superfamily  37.2 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.349825  normal  0.347907 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1348  histone deacetylase superfamily protein  38.05 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.104059 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  35.94 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3248  histone deacetylase superfamily protein  34.44 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000895974 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  31 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2249  histone deacetylase superfamily  40.28 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0929  histone deacetylase superfamily protein  34.68 
 
 		 364 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00399276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0085  Histone deacetylase  32.65 
 
 		 378 aa  132  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.127732  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0609  histone deacetylase superfamily  39.35 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0381  histone deacetylase superfamily protein  32.94 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0601969 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  33.79 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1126  histone deacetylase superfamily protein  36.75 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.546018 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  37.17 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1345  histone deacetylase superfamily  34.06 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1746  histone deacetylase superfamily protein  30.54 
 
 		 336 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.115562 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1375  Histone deacetylase  34.06 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.190886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3589  histone deacetylase superfamily  34.55 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000112978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  36.86 
 
 		 380 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1308  histone deacetylase superfamily  32.19 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0643  histone deacetylase superfamily  34.29 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000282204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>