More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3269 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3269  porin  100 
 
 
340 aa  684  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00595502  normal  0.572597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3027  outer membrane protein (porin)  60.59 
 
 
352 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0984203  normal  0.75673 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5210  outer membrane protein (porin)  70.99 
 
 
312 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00719172  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5649  outer membrane protein (porin)  70.99 
 
 
312 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2481  outer membrane protein (porin)  57.4 
 
 
352 aa  394  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.587098  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3886  porin  56.76 
 
 
351 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.426254  normal  0.191492 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  51.94 
 
 
352 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5937  porin  51.19 
 
 
353 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.022245 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  32.58 
 
 
358 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  33.88 
 
 
368 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  30.24 
 
 
363 aa  140  2e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  31.62 
 
 
372 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.45681e-05  hitchhiker  9.29748e-06 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  32.52 
 
 
386 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  32.52 
 
 
386 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  31.09 
 
 
376 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  32.38 
 
 
379 aa  136  6e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  32.05 
 
 
357 aa  135  1e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  35.44 
 
 
353 aa  134  2e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  34.38 
 
 
354 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  32.12 
 
 
374 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  31.68 
 
 
355 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  31.29 
 
 
357 aa  130  2e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  29.17 
 
 
376 aa  131  2e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  32.59 
 
 
355 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  32.42 
 
 
360 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  32.59 
 
 
355 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  30.9 
 
 
365 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  28.87 
 
 
376 aa  128  1e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2544  porin  32.96 
 
 
367 aa  128  1e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.644529 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  32.54 
 
 
369 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  4.67885e-07  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  30 
 
 
402 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  30.19 
 
 
413 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  32.29 
 
 
355 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  32.65 
 
 
368 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  31.97 
 
 
368 aa  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  31.08 
 
 
379 aa  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  30.41 
 
 
354 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  30.41 
 
 
354 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  31.4 
 
 
354 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  31.4 
 
 
354 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  31.4 
 
 
357 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  30.79 
 
 
352 aa  122  1e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4558  porin  32.14 
 
 
360 aa  121  2e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  31.86 
 
 
371 aa  120  2e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  28.19 
 
 
381 aa  121  2e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  32.79 
 
 
352 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  31.36 
 
 
362 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  32.06 
 
 
358 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6531  porin Gram-negative type  31.34 
 
 
395 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158369  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  30.99 
 
 
401 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  29.65 
 
 
389 aa  118  1e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0973  OmpC family outer membrane porin  31.93 
 
 
393 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  3.10087e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  29.62 
 
 
367 aa  116  4e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3812  porin  32.14 
 
 
360 aa  115  7e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.625248  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  31.78 
 
 
379 aa  115  1e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  30.19 
 
 
384 aa  115  1e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  30.19 
 
 
373 aa  114  2e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  29.92 
 
 
373 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  30.46 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  29.92 
 
 
373 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  32.91 
 
 
350 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  30.46 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  30.46 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  30.46 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  30.46 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  29.92 
 
 
384 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  29.92 
 
 
373 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  29.92 
 
 
373 aa  113  4e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  31.47 
 
 
436 aa  113  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7310  outer membrane protein (porin)  29.72 
 
 
369 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  0.523788 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  29.79 
 
 
392 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  30.58 
 
 
348 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  31.45 
 
 
347 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  29.79 
 
 
392 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  31.85 
 
 
351 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  31.47 
 
 
436 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  31.4 
 
 
348 aa  111  1e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  31.07 
 
 
385 aa  112  1e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  30.77 
 
 
385 aa  111  2e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0904  porin  33.23 
 
 
360 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.3308  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  30.19 
 
 
386 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  31.17 
 
 
353 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  31.11 
 
 
362 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0272  OmpC family outer membrane porin  29.09 
 
 
388 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  1.81178e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  31.89 
 
 
363 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  27.78 
 
 
396 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  29.84 
 
 
385 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  30.15 
 
 
383 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  29.97 
 
 
389 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  29.67 
 
 
389 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  29.34 
 
 
363 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1023  outer membrane protein (porin)  30.84 
 
 
361 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615146  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  29.63 
 
 
367 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6483  porin  30.88 
 
 
351 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  29.55 
 
 
363 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  29.55 
 
 
363 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  30.88 
 
 
351 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  29.55 
 
 
363 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  29.79 
 
 
389 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  28.9 
 
 
363 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>