93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4759 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  726    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  92.58 
 
 		 514 aa  828    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 494 aa  996    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  97.77 
 
 		 492 aa  880    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  79.81 
 
 		 514 aa  724    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  88.28 
 
 		 495 aa  839    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  93.27 
 
 		 493 aa  830    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  92.58 
 
 		 514 aa  828    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  726    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  726    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  726    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  726    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  80.88 
 
 		 504 aa  727    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  58.59 
 
 		 488 aa  511  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  52.67 
 
 		 507 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  54.72 
 
 		 474 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  58.24 
 
 		 483 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  46.29 
 
 		 534 aa  405  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  46.19 
 
 		 478 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  47.67 
 
 		 502 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  38.74 
 
 		 502 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  39.11 
 
 		 498 aa  318  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  38.79 
 
 		 509 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  37.73 
 
 		 534 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  38.76 
 
 		 481 aa  300  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  37.68 
 
 		 481 aa  300  5e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  37.17 
 
 		 534 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  37.53 
 
 		 522 aa  294  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  37.94 
 
 		 490 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  37.94 
 
 		 490 aa  288  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  34.07 
 
 		 480 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  36.36 
 
 		 446 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  38.01 
 
 		 449 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  36.53 
 
 		 444 aa  236  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  35.41 
 
 		 473 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  30.92 
 
 		 480 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  29.36 
 
 		 422 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  29.36 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  28.24 
 
 		 422 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  28.24 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  26.95 
 
 		 452 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  28.54 
 
 		 446 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  27.16 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  27.27 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  26.25 
 
 		 453 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  27.05 
 
 		 454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  26.3 
 
 		 448 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  30 
 
 		 482 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  27.38 
 
 		 447 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  27.15 
 
 		 447 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  26.79 
 
 		 444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  25.32 
 
 		 453 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  27.32 
 
 		 417 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  26.97 
 
 		 444 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  28.67 
 
 		 456 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  28.67 
 
 		 456 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  26.68 
 
 		 447 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  26.79 
 
 		 447 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  28.77 
 
 		 456 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.96 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.38 
 
 		 501 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 		 448 aa  114  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  26.08 
 
 		 444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  25.38 
 
 		 455 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  25.38 
 
 		 455 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 453 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  25.16 
 
 		 454 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  27.86 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  27.86 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.58 
 
 		 440 aa  87.4  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  26.72 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  27.05 
 
 		 396 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  27.06 
 
 		 522 aa  77.8  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  27.25 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  24.82 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  23.53 
 
 		 425 aa  73.2  0.000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  24.79 
 
 		 462 aa  72.4  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  24 
 
 		 476 aa  70.9  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  23.56 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  25.58 
 
 		 373 aa  65.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.58 
 
 		 373 aa  65.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  24.55 
 
 		 464 aa  63.5  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  27.07 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  22.67 
 
 		 490 aa  57  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  22.52 
 
 		 512 aa  55.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  29.37 
 
 		 268 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  22.35 
 
 		 493 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  22.71 
 
 		 484 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  22.94 
 
 		 434 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  22.48 
 
 		 484 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  23.82 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  22.96 
 
 		 485 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>