More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2718 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
296 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  79.93 
 
 
295 aa  477  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  77.66 
 
 
299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.64 
 
 
340 aa  434  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  68.29 
 
 
295 aa  405  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  68.17 
 
 
303 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  68.59 
 
 
297 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  68.95 
 
 
296 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  67.47 
 
 
300 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  68.23 
 
 
297 aa  394  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  68.23 
 
 
297 aa  394  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  66.78 
 
 
297 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  67.25 
 
 
301 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  66.9 
 
 
295 aa  396  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  68.95 
 
 
296 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  65.98 
 
 
308 aa  391  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  67.14 
 
 
299 aa  389  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  67.5 
 
 
299 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  66.2 
 
 
300 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
299 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  65.85 
 
 
299 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  66.79 
 
 
299 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  65.51 
 
 
302 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  65.61 
 
 
302 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  66.79 
 
 
299 aa  383  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.79 
 
 
299 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  65.85 
 
 
299 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  67.9 
 
 
303 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  67.53 
 
 
303 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
298 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
298 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  65.36 
 
 
299 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  66.91 
 
 
298 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
300 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  67.16 
 
 
303 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  66.19 
 
 
298 aa  374  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  67.27 
 
 
298 aa  371  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  65.12 
 
 
301 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  65.95 
 
 
301 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 
299 aa  371  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  60.34 
 
 
303 aa  365  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  61.4 
 
 
306 aa  346  3e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  48.4 
 
 
297 aa  280  2e-74  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  48.73 
 
 
300 aa  276  2e-73  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  45.32 
 
 
297 aa  263  4e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  45.05 
 
 
329 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.85 
 
 
305 aa  250  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.18 
 
 
290 aa  248  7e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  45.42 
 
 
307 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.07 
 
 
326 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  46.64 
 
 
293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  46.99 
 
 
293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 
311 aa  236  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  46.95 
 
 
311 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 
311 aa  235  7e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  45.63 
 
 
279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.6 
 
 
307 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.77 
 
 
307 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.13 
 
 
307 aa  232  5e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.44 
 
 
298 aa  232  6e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  44.53 
 
 
286 aa  231  8.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.6 
 
 
284 aa  231  9e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  45.32 
 
 
299 aa  231  9e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  44.19 
 
 
292 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  44.6 
 
 
281 aa  229  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  44.19 
 
 
292 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.36 
 
 
280 aa  229  4e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.09 
 
 
282 aa  228  9e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  42.12 
 
 
292 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  43.12 
 
 
292 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.07 
 
 
280 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.53 
 
 
285 aa  223  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  42.75 
 
 
293 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.75 
 
 
292 aa  223  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.96 
 
 
350 aa  223  3e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  45.49 
 
 
291 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
281 aa  222  6e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.21 
 
 
300 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  45.77 
 
 
287 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  45.63 
 
 
284 aa  221  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.86 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.86 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  42.6 
 
 
277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  45.77 
 
 
287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  42.07 
 
 
292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
290 aa  219  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.39 
 
 
289 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.27 
 
 
291 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
290 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
290 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.6 
 
 
313 aa  215  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  45 
 
 
285 aa  214  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  44.7 
 
 
288 aa  214  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
286 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  41.07 
 
 
285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.82 
 
 
311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.33 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  42.21 
 
 
288 aa  212  5.999999999999999e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  42.07 
 
 
313 aa  212  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
288 aa  211  7.999999999999999e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>