More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3161 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  100 
 
 		 289 aa  577  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  100 
 
 		 289 aa  577  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  100 
 
 		 289 aa  577  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  76.82 
 
 		 294 aa  444  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  73.68 
 
 		 286 aa  432  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  71.97 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  71.97 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  71.97 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  71.97 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  72.66 
 
 		 293 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  72.66 
 
 		 293 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  71.97 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  72.66 
 
 		 293 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  71.63 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  71.63 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  71.63 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  71.97 
 
 		 293 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  71.97 
 
 		 293 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  71.63 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  71.93 
 
 		 286 aa  421  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  75.09 
 
 		 286 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  71.93 
 
 		 286 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  70.93 
 
 		 284 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  45.23 
 
 		 282 aa  251  7e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  44.29 
 
 		 334 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  43.6 
 
 		 284 aa  237  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  45.17 
 
 		 285 aa  236  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  42.21 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  43.71 
 
 		 289 aa  228  8e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  40.75 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  39.08 
 
 		 287 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  39.51 
 
 		 281 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  39.71 
 
 		 283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  40 
 
 		 281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  40 
 
 		 281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  35.42 
 
 		 287 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  36.46 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  38.95 
 
 		 279 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  36.81 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  35.86 
 
 		 287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  36.9 
 
 		 287 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  35.86 
 
 		 287 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  35.52 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  36.9 
 
 		 287 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  38.03 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  34.86 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  35.74 
 
 		 287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  35.74 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  39.32 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  37.24 
 
 		 290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  34.28 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  36.52 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  36.52 
 
 		 290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  34.6 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  35.86 
 
 		 290 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  36.61 
 
 		 289 aa  161  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  36.73 
 
 		 290 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  35.4 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  37.97 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  36.99 
 
 		 289 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  33.22 
 
 		 287 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  36.52 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  36.61 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  35.64 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  34.04 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  32.65 
 
 		 324 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  32.3 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  33.8 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  33.93 
 
 		 282 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  32.87 
 
 		 269 aa  135  9e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  33.57 
 
 		 282 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  33.93 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  32.87 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  31.91 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  33.68 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  29.07 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  32.99 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  34.39 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  32.29 
 
 		 280 aa  129  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  33.79 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  33.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  36.93 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  32.75 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  29.93 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  32.75 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  32.75 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  30.82 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  31.16 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  31.5 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  32.06 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  31.16 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  31.91 
 
 		 280 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  37.27 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  31.54 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  33.1 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  30.04 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  30.21 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1374  thioredoxin  32.65 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  31.71 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  32.87 
 
 		 918 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>