More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0272 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  100 
 
 		 281 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  53.79 
 
 		 289 aa  316  3e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  45.16 
 
 		 280 aa  243  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  41.64 
 
 		 286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  41.94 
 
 		 286 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  42.7 
 
 		 286 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  40.14 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  38.87 
 
 		 285 aa  208  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  43.26 
 
 		 294 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  42.05 
 
 		 281 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  40.86 
 
 		 286 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  38.65 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  40.28 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  40.5 
 
 		 284 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  40.28 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  40.28 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  40.28 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  40.28 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  40.28 
 
 		 284 aa  198  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  39.58 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  39.58 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  39.58 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  40.36 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  39.58 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  39.58 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  39.58 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  39.58 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  39.58 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  39.58 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  39.79 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  39.51 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  39.51 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  39.51 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  38.19 
 
 		 287 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  38.19 
 
 		 287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  38.19 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  38.54 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  40.64 
 
 		 279 aa  188  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  38.38 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  40.99 
 
 		 281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  38.89 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  39.79 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  40.28 
 
 		 281 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  34.88 
 
 		 283 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  38.19 
 
 		 287 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  37.5 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  37.5 
 
 		 287 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  34.16 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  34.04 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  34.39 
 
 		 290 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  33.8 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  31.67 
 
 		 290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  33.33 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  31.32 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  31.32 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  33.68 
 
 		 289 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  32.62 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  29.27 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  31.32 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  34.04 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  30.6 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  30.11 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  34.28 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  31.9 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  32.98 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  30.25 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  29.54 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  28.06 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  30.66 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  30.25 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  29.82 
 
 		 269 aa  127  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  28.27 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  27.53 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  27.53 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  28.27 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  29.08 
 
 		 280 aa  118  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  26.74 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  29.12 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  26.76 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  29.12 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3284  thioredoxin  28.57 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  28.87 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  30.25 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  29.89 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  27.97 
 
 		 329 aa  112  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  27.62 
 
 		 324 aa  112  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  28.06 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  27.66 
 
 		 282 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  27.66 
 
 		 282 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  27.02 
 
 		 301 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  26.95 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  26.95 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  27.02 
 
 		 918 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  27.24 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  25.61 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  25.61 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  25.86 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  28.37 
 
 		 326 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  27.82 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  25.27 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>