More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2250 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  100 
 
 		 287 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  98.95 
 
 		 287 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  98.26 
 
 		 287 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  93.73 
 
 		 287 aa  543  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  86.06 
 
 		 287 aa  477  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  83.62 
 
 		 287 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  83.28 
 
 		 287 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  83.97 
 
 		 287 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  83.97 
 
 		 287 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  61.67 
 
 		 287 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  63.41 
 
 		 279 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  58.89 
 
 		 287 aa  341  1e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  62.02 
 
 		 281 aa  330  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  62.5 
 
 		 281 aa  322  5e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  62.72 
 
 		 281 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  52.48 
 
 		 291 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  41.81 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  41.81 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  41.81 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  41.81 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  41.46 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  41.46 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  41.46 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  41.46 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  41.46 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  41.75 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  41.75 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  42.81 
 
 		 284 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  42.61 
 
 		 334 aa  212  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  41.4 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  41.4 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  41.4 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  41.55 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  39.65 
 
 		 286 aa  199  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  37.54 
 
 		 286 aa  198  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  38.6 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  40.42 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  40.14 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  38.25 
 
 		 286 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  39.79 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  38.19 
 
 		 281 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  36.46 
 
 		 285 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  37.1 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  36.04 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  35.52 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  35.52 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  35.52 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  35.42 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  33.33 
 
 		 290 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  32.64 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  32.99 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  32.99 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  31.5 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  31.94 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  30.9 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  30.1 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  30.74 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  31.25 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  31.14 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  32.06 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  29.41 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  30.56 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  28.22 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  29.17 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  29.27 
 
 		 287 aa  105  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  30.24 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  30.66 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  27.8 
 
 		 306 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  27.21 
 
 		 306 aa  98.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  26.87 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  27.24 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  27.18 
 
 		 269 aa  97.1  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  26.35 
 
 		 282 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  25.53 
 
 		 310 aa  92.4  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  26.83 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  26.73 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  27.43 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  27.96 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  26.35 
 
 		 282 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  28.77 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  28.21 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  40.19 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  40.19 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  25.99 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  25.55 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  40.19 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  28.52 
 
 		 286 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  25.18 
 
 		 282 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  24.18 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  25.99 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  26.55 
 
 		 281 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  25.55 
 
 		 282 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  26.74 
 
 		 281 aa  85.9  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2614  thioredoxin family protein  28.22 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3864  thioredoxin domain-containing protein  27.92 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  25.45 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  25.45 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  26.9 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  26.9 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  26.55 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>