More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1429 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  100 
 
 		 287 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  66.55 
 
 		 287 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  58.89 
 
 		 287 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  58.89 
 
 		 287 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  58.89 
 
 		 287 aa  339  4e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  58.54 
 
 		 287 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  59.93 
 
 		 287 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  60.28 
 
 		 287 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  55.75 
 
 		 279 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  59.58 
 
 		 287 aa  314  8e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  59.58 
 
 		 281 aa  315  8e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  59.93 
 
 		 287 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  59.93 
 
 		 287 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  56.79 
 
 		 281 aa  300  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  56.79 
 
 		 281 aa  278  8e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  48.76 
 
 		 291 aa  258  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  42.16 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  42.16 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  42.16 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  42.16 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  42.16 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  41.9 
 
 		 293 aa  221  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  41.81 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  41.81 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  41.9 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  41.81 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  41.81 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  41.55 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  41.55 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  41.55 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  40.14 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  41.55 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  38.38 
 
 		 286 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  39.79 
 
 		 284 aa  201  8e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  39.44 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  36.62 
 
 		 286 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  39.79 
 
 		 281 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  35.56 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  39.02 
 
 		 280 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  37.5 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  37.54 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  35.92 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  35.42 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  35.42 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  38.89 
 
 		 282 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  35.42 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  34.03 
 
 		 285 aa  178  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  37.06 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  29.67 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  29.51 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  30.9 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  29.14 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  28.42 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  29.14 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  31.25 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  30.9 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  27.43 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  28.62 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  27.93 
 
 		 290 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  27.78 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  29.64 
 
 		 289 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  28.32 
 
 		 286 aa  109  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  30.58 
 
 		 287 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  28.57 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  28.52 
 
 		 282 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  28.24 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  27.43 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  28.24 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  28.83 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  26.71 
 
 		 305 aa  93.6  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  25 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  27.15 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  28.12 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  29.14 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  27.92 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  28.41 
 
 		 282 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  28.41 
 
 		 282 aa  89.4  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  26.37 
 
 		 304 aa  89  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  28.52 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3864  thioredoxin domain-containing protein  29.11 
 
 		 295 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  26.13 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  27.83 
 
 		 326 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  27.46 
 
 		 282 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  27.97 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  24.91 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  26.35 
 
 		 282 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  26.6 
 
 		 334 aa  85.5  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  27.92 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  26.02 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  26.48 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  27.31 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  25.09 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  23.78 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  26.02 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  26.02 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  25.87 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  26.04 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  27.24 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  27.24 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  24.31 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>