More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1539 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  100 
 
 		 287 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  66.55 
 
 		 287 aa  385  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  62.02 
 
 		 287 aa  360  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  62.02 
 
 		 287 aa  358  5e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  61.67 
 
 		 287 aa  358  6e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  61.67 
 
 		 287 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  62.37 
 
 		 287 aa  338  8e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  61.67 
 
 		 287 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  60.63 
 
 		 287 aa  329  4e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  60.98 
 
 		 287 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  60.98 
 
 		 287 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  58.54 
 
 		 281 aa  301  8.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  57.84 
 
 		 281 aa  300  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  54.36 
 
 		 279 aa  297  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  57.14 
 
 		 281 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  48.24 
 
 		 291 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  40.7 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  40.42 
 
 		 284 aa  206  5e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  40.42 
 
 		 284 aa  206  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  40.42 
 
 		 284 aa  206  5e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  40.42 
 
 		 284 aa  206  5e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  40.42 
 
 		 284 aa  206  5e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  39.44 
 
 		 286 aa  205  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  40.07 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  40.07 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  40.07 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  40.07 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  40.7 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  40.7 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  40.7 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  40.7 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  40.35 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  40.7 
 
 		 284 aa  201  8e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  38.03 
 
 		 286 aa  198  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  36.97 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  38.73 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  41.4 
 
 		 286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  39.44 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  38.11 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  39.08 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  39.08 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  39.08 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  38.38 
 
 		 281 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  38.19 
 
 		 280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  34.38 
 
 		 285 aa  182  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  37.19 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  34.62 
 
 		 284 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  35.19 
 
 		 282 aa  162  6e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  32.97 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  28.82 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  27.93 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  28.72 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  29.41 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  26.98 
 
 		 290 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  27.59 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  28.72 
 
 		 289 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  27.46 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  27.05 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  28.22 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  26.71 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  27.74 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  26.67 
 
 		 287 aa  106  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  24.83 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  28.47 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  31.8 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  27.87 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  26.37 
 
 		 287 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  27.8 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  26.92 
 
 		 282 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  27.24 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  27.76 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  26.46 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  26.53 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  26.55 
 
 		 287 aa  93.2  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  28.47 
 
 		 326 aa  92.8  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  27.4 
 
 		 302 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  24.83 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  26.46 
 
 		 306 aa  92  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  26.76 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  26.83 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  26.12 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  27.14 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  27.27 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  26.37 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  27.27 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  25 
 
 		 269 aa  89.7  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  40.19 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  40.19 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  26.92 
 
 		 281 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  26.32 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  24.91 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0993  thioredoxin  40.19 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  24.91 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  40.19 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  27.21 
 
 		 330 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3711  thioredoxin-related  26.35 
 
 		 312 aa  86.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  25.76 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2594  thioredoxin domain-containing protein  25.95 
 
 		 339 aa  86.7  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.238157  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  25.88 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  30.15 
 
 		 286 aa  85.9  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>