More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1120 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  100 
 
 		 286 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  93.71 
 
 		 286 aa  542  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  80.42 
 
 		 286 aa  457  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  75.87 
 
 		 286 aa  450  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  76.34 
 
 		 294 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  71.43 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  71.43 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  71.43 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  70 
 
 		 284 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  70 
 
 		 284 aa  408  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  71.07 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  70 
 
 		 284 aa  407  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  70 
 
 		 284 aa  408  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  70 
 
 		 284 aa  407  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  70 
 
 		 284 aa  407  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  70 
 
 		 284 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  70 
 
 		 284 aa  407  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  70 
 
 		 284 aa  407  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  70.71 
 
 		 293 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  71.93 
 
 		 289 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  71.93 
 
 		 289 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  71.93 
 
 		 289 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  70.36 
 
 		 284 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  48.23 
 
 		 282 aa  265  8e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  45.1 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  43.16 
 
 		 334 aa  245  6e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  44.88 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  42.76 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  41.73 
 
 		 284 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  43.77 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  40.86 
 
 		 281 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  39.3 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  38.03 
 
 		 287 aa  198  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  40.36 
 
 		 281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  38.6 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  38.95 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  37.69 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  38.25 
 
 		 287 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  35.56 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  40 
 
 		 281 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  36.07 
 
 		 280 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  38.95 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  38.6 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  38.95 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  38.21 
 
 		 279 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  38.95 
 
 		 287 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  38.93 
 
 		 281 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  38.6 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  34.04 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  35.03 
 
 		 290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  35.71 
 
 		 290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  35.71 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  35.03 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  35.71 
 
 		 290 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  36.93 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  36.05 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  37.28 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  32.74 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  34.04 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  34.27 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  35.23 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  37.19 
 
 		 289 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  36.11 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  33.45 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  31.56 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  34.16 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  34.98 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  32.62 
 
 		 269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  32.59 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  32.59 
 
 		 282 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  32.22 
 
 		 282 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  32.01 
 
 		 274 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01872  thioredoxin  33.7 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  32.73 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  30.1 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  31.47 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  31.47 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  28.67 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  31.72 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  30.88 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  35.31 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  31.47 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  30.88 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  30.88 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  30.88 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  29.76 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  35.04 
 
 		 286 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  32.39 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  31.47 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  29.14 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  32.39 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2914  thioredoxin  33.94 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  30.77 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  28.82 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  29.15 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  31.85 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1374  thioredoxin  32.19 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  30.67 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  31.85 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  30 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>