More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2848 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2848  thioredoxin domain-containing protein  100 
 
 		 281 aa  568  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000781433  decreased coverage  0.00000000282875 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1797  thioredoxin domain-containing protein  80.07 
 
 		 281 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00348973  hitchhiker  0.000000176932 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1527  thioredoxin domain-containing protein  68.33 
 
 		 281 aa  360  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000426652  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2322  thioredoxin domain-containing protein  62.37 
 
 		 287 aa  359  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000013282  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2231  thioredoxin domain-containing protein  64.77 
 
 		 279 aa  359  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00861922  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2442  thioredoxin domain-containing protein  62.72 
 
 		 287 aa  357  8e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2250  thioredoxin domain-containing protein  62.02 
 
 		 287 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000378794  normal  0.196783 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2017  thioredoxin-like protein  62.02 
 
 		 287 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2585  thioredoxin domain-containing protein  62.37 
 
 		 287 aa  329  3e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2298  thioredoxin domain-containing protein  62.72 
 
 		 287 aa  329  4e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2662  thioredoxin domain-containing protein  62.37 
 
 		 287 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00566405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1429  thioredoxin-related  56.79 
 
 		 287 aa  322  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000020457  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  57.84 
 
 		 287 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2547  thioredoxin domain-containing protein  61.67 
 
 		 287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00617037  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1799  Thioredoxin domain protein  61.67 
 
 		 287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.635888  hitchhiker  0.000000415158 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1314  putative thioredoxin-like protein  51.26 
 
 		 291 aa  266  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0231071  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  43.26 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  43.26 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  42.91 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  42.91 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  42.91 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  42.91 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  42.91 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  42.91 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  42.91 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  42.91 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  42.91 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  42.91 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  42.2 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  42.91 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  42.91 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  42.05 
 
 		 281 aa  216  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  40.36 
 
 		 286 aa  208  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  40 
 
 		 286 aa  208  8e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  39.29 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01318  hypothetical protein  40.5 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  41.64 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  39.86 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  40.36 
 
 		 286 aa  198  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  40 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  40 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  40 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004149  thioredoxin domain-containing protein  39.43 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0498  hypothetical protein  39.78 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  37.46 
 
 		 282 aa  192  5e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  36.27 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0804  thioredoxin  37.1 
 
 		 284 aa  179  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4343  thioredoxin domain-containing protein  37.14 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  32.84 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  31.58 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  30.74 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  30.53 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  30.18 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  30.88 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  28.01 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  31.12 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  29.33 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  30.14 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  29.82 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  29.97 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  30.55 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  29.97 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  26.69 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  28.27 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  26.1 
 
 		 282 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  27.21 
 
 		 269 aa  102  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  30.25 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  27.27 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  27.18 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  28.62 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  28.32 
 
 		 282 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  28.32 
 
 		 282 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  27.96 
 
 		 918 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  27.96 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  27.27 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  26.09 
 
 		 282 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  26.91 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  27.59 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  26.94 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  24.55 
 
 		 282 aa  92.8  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01872  thioredoxin  28.92 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  26.86 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  25 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  27.84 
 
 		 282 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  26.86 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  38.32 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  27.51 
 
 		 282 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  27.51 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  25.8 
 
 		 287 aa  89.7  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  27.34 
 
 		 306 aa  89.4  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  37.04 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  37.04 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  26.55 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2614  thioredoxin family protein  27.04 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  27.14 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  25.09 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  25.52 
 
 		 281 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0993  thioredoxin  36.11 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  25.8 
 
 		 287 aa  86.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  24.19 
 
 		 282 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>