More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1152 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_1152  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
912 aa  1753    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1894  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.13 
 
 
896 aa  560  1e-158  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.44901  normal  0.407814 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.76 
 
 
1126 aa  171  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.99 
 
 
900 aa  124  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.91 
 
 
921 aa  121  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.6 
 
 
919 aa  120  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.41 
 
 
877 aa  120  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  28.08 
 
 
689 aa  118  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 
842 aa  107  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.76 
 
 
754 aa  107  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
892 aa  105  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3556  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.63 
 
 
905 aa  104  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.88325  normal  0.39495 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 
338 aa  101  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 
339 aa  100  9e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  34.18 
 
 
362 aa  99.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3238  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.22 
 
 
358 aa  98.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  30.73 
 
 
449 aa  97.8  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.84 
 
 
1075 aa  97.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  30.43 
 
 
352 aa  97.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  30.07 
 
 
384 aa  96.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  24.1 
 
 
341 aa  96.7  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
1977 aa  95.9  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  31.65 
 
 
339 aa  95.9  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 
339 aa  95.5  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.98 
 
 
821 aa  95.1  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  34.05 
 
 
355 aa  94.7  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 
349 aa  94.7  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  25.55 
 
 
343 aa  94.4  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.33 
 
 
771 aa  94.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  33.21 
 
 
357 aa  93.2  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1286  putative DNA-binding sucrose operon transcriptional repressor transcription regulator protein  30.34 
 
 
344 aa  92.8  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.597152 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  27.68 
 
 
333 aa  92.8  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.09 
 
 
337 aa  92.4  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
569 aa  92  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.15 
 
 
954 aa  91.7  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 
336 aa  91.3  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.39 
 
 
342 aa  90.9  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.97 
 
 
890 aa  90.5  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  26.12 
 
 
337 aa  90.1  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 
346 aa  90.1  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2324  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
1162 aa  89.7  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.54 
 
 
709 aa  90.1  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.97 
 
 
766 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34 
 
 
890 aa  89.4  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.1 
 
 
336 aa  89  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 
337 aa  89  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 
343 aa  89  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.85 
 
 
336 aa  88.6  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.9 
 
 
1442 aa  88.2  7e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 
353 aa  87.8  8e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  26.24 
 
 
341 aa  87.4  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35 
 
 
1785 aa  87.4  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  32.89 
 
 
336 aa  86.7  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
765 aa  86.7  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  29.54 
 
 
391 aa  86.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.59 
 
 
339 aa  86.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 
890 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  30.14 
 
 
338 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.22 
 
 
1201 aa  85.9  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  30.04 
 
 
344 aa  85.9  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
1050 aa  85.9  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  29.93 
 
 
339 aa  85.9  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3700  LacI family transcription regulator  25.09 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000696494  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0819  transcriptional regulator, LacI family  33.18 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.1 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.27 
 
 
339 aa  85.5  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  33.03 
 
 
339 aa  85.5  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.45 
 
 
330 aa  85.5  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  28.88 
 
 
339 aa  85.1  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  23.39 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  28.11 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  28.28 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3655  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.53 
 
 
858 aa  84.7  0.000000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
758 aa  84.3  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  33.03 
 
 
339 aa  84.3  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  28.62 
 
 
334 aa  83.2  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.19 
 
 
335 aa  83.2  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
1191 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  32.96 
 
 
379 aa  83.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.41 
 
 
337 aa  82.8  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 
464 aa  82.8  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.73 
 
 
1090 aa  82.8  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
1714 aa  82.8  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
763 aa  82.4  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  32.38 
 
 
365 aa  82.8  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.73 
 
 
1090 aa  82.8  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  22.79 
 
 
337 aa  82.4  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  27.64 
 
 
335 aa  82.8  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.3 
 
 
751 aa  82.4  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
875 aa  82  0.00000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 
340 aa  82  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 
352 aa  82  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  31.6 
 
 
335 aa  82  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1237  chemotaxis response regulator (methyltransferase)  29.37 
 
 
1618 aa  81.6  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.71 
 
 
1398 aa  82  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0043  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.3 
 
 
816 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  33.48 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.37 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  23.66 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>