More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3238 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3238  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 358 aa  700    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  49.69 
 
 		 362 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  42.02 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  41.72 
 
 		 384 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  43.61 
 
 		 355 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.07 
 
 		 353 aa  142  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  38.85 
 
 		 351 aa  139  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 339 aa  136  7.000000000000001e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  32.59 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.99 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  38.98 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  34.22 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  38.11 
 
 		 340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  31.82 
 
 		 338 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  39.33 
 
 		 339 aa  125  9e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  33.67 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  29.02 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  33.89 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  36.36 
 
 		 346 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  30.98 
 
 		 344 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  33.1 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.16 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.52 
 
 		 338 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 343 aa  123  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  28.72 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  39.92 
 
 		 338 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.01 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  41.11 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  32.3 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.34 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5075  transcriptional regulator, LacI family  32.81 
 
 		 350 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.34 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  29.77 
 
 		 349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  34.22 
 
 		 328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11580  transcriptional regulator, LacI family  30.98 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  34.17 
 
 		 347 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  36.32 
 
 		 338 aa  119  9e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.93 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  34.56 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  36.33 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.39 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3330  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  0.198785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.89 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  33.22 
 
 		 368 aa  116  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5892  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  30.17 
 
 		 356 aa  116  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.46 
 
 		 336 aa  116  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.87 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.87 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.87 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.87 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.87 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2210  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 342 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 		 341 aa  116  7.999999999999999e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  32.42 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  32.21 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  27.68 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.71 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.46 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  40.77 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  32.16 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  32.63 
 
 		 343 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 346 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2163  transcriptional regulator, LacI family  32.99 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.130175  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.4 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  32.16 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  32.16 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 333 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  37.5 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3659  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.74 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0081  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 533 aa  114  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0322745  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.61 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.46 
 
 		 337 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.48 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  39.71 
 
 		 346 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  31.73 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3704  transcriptional regulator, LacI family  33.78 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00247071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 346 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  34.22 
 
 		 340 aa  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  31.48 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5857  transcriptional regulator, LacI family  32 
 
 		 338 aa  113  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.55822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>