More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_11580 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_11580  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 345 aa  693    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  68.36 
 
 		 354 aa  451  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3343  LacI family transcription regulator  67.87 
 
 		 349 aa  445  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716413  normal  0.0750883 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  67.36 
 
 		 343 aa  441  1e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  67.07 
 
 		 360 aa  427  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  63.83 
 
 		 347 aa  414  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  66.77 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1131  transcriptional regulator, LacI family  64.35 
 
 		 332 aa  407  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  61.54 
 
 		 357 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2112  transcriptional regulator, LacI family  63.06 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  60.06 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  59.28 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  58.98 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5892  transcriptional regulator, LacI family  63.22 
 
 		 332 aa  390  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2163  transcriptional regulator, LacI family  57.19 
 
 		 355 aa  364  1e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.130175  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  58.31 
 
 		 347 aa  350  1e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5857  transcriptional regulator, LacI family  53.33 
 
 		 338 aa  347  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.55822 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  56.46 
 
 		 345 aa  347  2e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5410  LacI family transcription regulator  51.04 
 
 		 340 aa  326  3e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6898  LacI family transcription regulator  51.67 
 
 		 326 aa  325  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.313469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  50.15 
 
 		 350 aa  320  3e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3704  transcriptional regulator, LacI family  50.29 
 
 		 353 aa  315  5e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00247071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0061  transcriptional regulator, LacI family  50 
 
 		 341 aa  311  9e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.408611  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03820  transcriptional regulator, LacI family  51.81 
 
 		 333 aa  310  2e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.048726 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  49.41 
 
 		 339 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3510  transcriptional regulator, LacI family  53.15 
 
 		 340 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0130099  normal  0.340797 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3766  LacI family transcription regulator  50.15 
 
 		 361 aa  299  4e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3511  transcriptional regulator, LacI family  50.15 
 
 		 341 aa  298  7e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0677107  normal  0.351268 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3705  transcriptional regulator, LacI family  44.61 
 
 		 340 aa  258  7e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0259788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12300  transcriptional regulator  45.24 
 
 		 349 aa  252  7e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.194881  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0937  ribose operon repressor RbsR  44.65 
 
 		 334 aa  239  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0347  transcriptional regulator, LacI family  41.76 
 
 		 347 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 326 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 		 336 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 		 353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.24 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.24 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  33.24 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.24 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.24 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  36.01 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.24 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.24 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.24 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 391 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.65 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.36 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  35.99 
 
 		 342 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 347 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.55 
 
 		 348 aa  153  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.12 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.36 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 		 342 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 		 340 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  31.88 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.59 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.46 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.49 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  32.55 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.83 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.49 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 362 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.27 
 
 		 331 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.73 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 348 aa  146  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0461  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 353 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 357 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 329 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  33.01 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.72 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.24 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  32.1 
 
 		 365 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 344 aa  142  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  30.27 
 
 		 352 aa  142  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2659  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.34431  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 333 aa  142  8e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  29.76 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.87 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.54 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  29.6 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 344 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>