More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0837 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3885  AMP-dependent synthetase and ligase  56.56 
 
 		 638 aa  647    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186226  normal  0.147677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 647 aa  1302    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00928833  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14060  AMP-binding domain protein  45.96 
 
 		 632 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0382905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1245  AMP-binding domain protein  44.93 
 
 		 632 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.988132  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7585  AMP-binding domain protein  43.23 
 
 		 636 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3562  AMP-binding domain protein  43.08 
 
 		 633 aa  445  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735849  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2376  AMP-binding domain protein  39.87 
 
 		 786 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 626 aa  371  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5083  AMP-binding domain protein  38.55 
 
 		 653 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5777  AMP-binding domain protein  38.55 
 
 		 653 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.755359 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4401  AMP-binding domain protein  38.38 
 
 		 653 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.462133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0234  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346753  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1134  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193251  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0925  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1980  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982582  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1999  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1574  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2138  AMP-binding domain protein  40.7 
 
 		 658 aa  360  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.637524  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5284  AMP-binding domain protein  35.02 
 
 		 656 aa  352  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3530  AMP-binding domain protein  39.05 
 
 		 662 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.771052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0853  AMP-binding domain protein  36.66 
 
 		 632 aa  346  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198925  normal  0.0889717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3543  AMP-binding domain protein  36.35 
 
 		 660 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2005  AMP-binding domain protein  36.63 
 
 		 629 aa  339  9e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1744  acyl-CoA synthetase  39.12 
 
 		 617 aa  338  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14345  normal  0.264223 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2984  AMP-binding domain protein  39.83 
 
 		 629 aa  336  5.999999999999999e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2913  AMP-binding domain protein  34.35 
 
 		 629 aa  331  3e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.235786 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0929  AMP-binding domain protein  34.89 
 
 		 629 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.358411 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2241  AMP-binding domain protein  34.64 
 
 		 629 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.677791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2255  AMP-binding domain protein  34.99 
 
 		 629 aa  323  8e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2637  AMP-binding domain protein  37.87 
 
 		 638 aa  316  7e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1827  AMP-binding domain protein  33.68 
 
 		 628 aa  314  3.9999999999999997e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.662967  normal  0.891796 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2607  AMP-binding domain protein  37.87 
 
 		 638 aa  314  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2651  AMP-binding domain protein  37.87 
 
 		 638 aa  314  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 594 aa  250  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 525 aa  226  9e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 539 aa  225  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 		 583 aa  219  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 503 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.28 
 
 		 520 aa  213  7e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 559 aa  207  4e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 561 aa  202  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 561 aa  202  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 		 566 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 		 567 aa  199  9e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 571 aa  197  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 485 aa  196  8.000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 508 aa  196  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 		 549 aa  195  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 512 aa  194  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.98 
 
 		 491 aa  193  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 564 aa  193  9e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 487 aa  192  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5808  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 452 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681195  decreased coverage  0.000412169 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 522 aa  191  4e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 569 aa  191  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 521 aa  190  7e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  36.86 
 
 		 552 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 550 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 		 555 aa  189  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 527 aa  188  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 511 aa  187  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  30.66 
 
 		 561 aa  187  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 543 aa  187  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.35 
 
 		 562 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1866  long-chain fatty acid-CoA ligase (AMP-binding)  28.44 
 
 		 594 aa  186  8e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 582 aa  186  9e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 561 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 561 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 506 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 561 aa  184  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.35 
 
 		 562 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.82 
 
 		 562 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 565 aa  184  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 563 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2192  AMP-dependent synthetase and ligase  27.83 
 
 		 588 aa  184  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 563 aa  184  6e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 549 aa  182  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 563 aa  183  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.91 
 
 		 561 aa  182  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  30.93 
 
 		 515 aa  182  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 563 aa  183  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.35 
 
 		 562 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 532 aa  182  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 582 aa  182  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  30.17 
 
 		 556 aa  182  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2155  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 		 594 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.657551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 548 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  26.51 
 
 		 551 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3122  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 573 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183253  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 		 550 aa  181  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  32.17 
 
 		 508 aa  180  5.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  28.8 
 
 		 557 aa  180  8e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.57 
 
 		 562 aa  180  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  30.06 
 
 		 525 aa  179  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2156  AMP-dependent synthetase and ligase  26.95 
 
 		 575 aa  179  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.87 
 
 		 562 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  28.08 
 
 		 544 aa  179  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.22 
 
 		 562 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 506 aa  179  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.05 
 
 		 557 aa  177  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>