More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3562 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3562  AMP-binding domain protein  100 
 
 		 633 aa  1289    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735849  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1245  AMP-binding domain protein  72.22 
 
 		 632 aa  935    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.988132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14060  AMP-binding domain protein  71.43 
 
 		 632 aa  926    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0382905 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5083  AMP-binding domain protein  50.16 
 
 		 653 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4401  AMP-binding domain protein  50.16 
 
 		 653 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.462133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5777  AMP-binding domain protein  50.16 
 
 		 653 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.755359 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3530  AMP-binding domain protein  50.55 
 
 		 662 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.771052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5284  AMP-binding domain protein  50.64 
 
 		 656 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2376  AMP-binding domain protein  48.82 
 
 		 786 aa  555  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0234  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346753  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1134  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193251  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1980  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982582  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1999  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2138  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.637524  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0925  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1574  AMP-binding domain protein  48.97 
 
 		 658 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7585  AMP-binding domain protein  44.78 
 
 		 636 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2913  AMP-binding domain protein  42.93 
 
 		 629 aa  460  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.235786 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1827  AMP-binding domain protein  42.24 
 
 		 628 aa  461  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.662967  normal  0.891796 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  44.89 
 
 		 626 aa  457  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2241  AMP-binding domain protein  43.34 
 
 		 629 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.677791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  43.08 
 
 		 647 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00928833  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2255  AMP-binding domain protein  42.47 
 
 		 629 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0929  AMP-binding domain protein  42.35 
 
 		 629 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.358411 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2005  AMP-binding domain protein  41.39 
 
 		 629 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0853  AMP-binding domain protein  41.94 
 
 		 632 aa  432  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198925  normal  0.0889717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3885  AMP-dependent synthetase and ligase  41.57 
 
 		 638 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186226  normal  0.147677 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2984  AMP-binding domain protein  41.05 
 
 		 629 aa  391  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1744  acyl-CoA synthetase  36.98 
 
 		 617 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14345  normal  0.264223 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2637  AMP-binding domain protein  37.62 
 
 		 638 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2607  AMP-binding domain protein  38.34 
 
 		 638 aa  363  4e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2651  AMP-binding domain protein  38.34 
 
 		 638 aa  363  4e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3543  AMP-binding domain protein  36.66 
 
 		 660 aa  359  9e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5808  AMP-dependent synthetase and ligase  47.27 
 
 		 452 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681195  decreased coverage  0.000412169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 525 aa  286  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 503 aa  267  4e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 520 aa  265  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 561 aa  263  6e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 521 aa  260  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 549 aa  257  4e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  35.49 
 
 		 532 aa  254  4.0000000000000004e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.77 
 
 		 594 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 512 aa  252  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 565 aa  252  2e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 539 aa  251  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 569 aa  251  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 		 577 aa  250  5e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 559 aa  249  1e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 564 aa  248  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  31.66 
 
 		 551 aa  242  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 564 aa  240  5e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 566 aa  240  6.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 557 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 499 aa  238  4e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  39.72 
 
 		 485 aa  237  5.0000000000000005e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 		 583 aa  237  6e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 584 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 583 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.42 
 
 		 491 aa  234  3e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 554 aa  234  5e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.78 
 
 		 514 aa  234  5e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 578 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 573 aa  232  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 492 aa  231  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.51 
 
 		 561 aa  229  9e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.83 
 
 		 585 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 585 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.35 
 
 		 582 aa  229  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.97 
 
 		 561 aa  229  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.51 
 
 		 563 aa  228  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.51 
 
 		 582 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.52 
 
 		 561 aa  228  2e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.69 
 
 		 561 aa  229  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.51 
 
 		 563 aa  228  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 553 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.03 
 
 		 561 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.94 
 
 		 515 aa  228  3e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.53 
 
 		 513 aa  228  4e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 561 aa  227  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.32 
 
 		 563 aa  226  7e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.32 
 
 		 563 aa  226  8e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 		 590 aa  226  8e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 591 aa  226  8e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 506 aa  226  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 505 aa  226  1e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 549 aa  226  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 		 490 aa  224  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 518 aa  224  4e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.41 
 
 		 510 aa  223  9e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 		 510 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 		 510 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.04 
 
 		 510 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 506 aa  222  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 501 aa  221  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 487 aa  221  3e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.04 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>