More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3885 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  56.56 
 
 		 647 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00928833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3885  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 638 aa  1290    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186226  normal  0.147677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1245  AMP-binding domain protein  42.41 
 
 		 632 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.988132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14060  AMP-binding domain protein  42.06 
 
 		 632 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0382905 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3562  AMP-binding domain protein  41.57 
 
 		 633 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735849  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7585  AMP-binding domain protein  38.35 
 
 		 636 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2376  AMP-binding domain protein  39.83 
 
 		 786 aa  362  9e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3530  AMP-binding domain protein  37.48 
 
 		 662 aa  355  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.771052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5284  AMP-binding domain protein  36.88 
 
 		 656 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  39.9 
 
 		 626 aa  349  1e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0853  AMP-binding domain protein  36.6 
 
 		 632 aa  343  4e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198925  normal  0.0889717 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4401  AMP-binding domain protein  36.67 
 
 		 653 aa  340  5e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.462133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5083  AMP-binding domain protein  36.67 
 
 		 653 aa  340  5e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5777  AMP-binding domain protein  36.67 
 
 		 653 aa  340  5e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.755359 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1744  acyl-CoA synthetase  40 
 
 		 617 aa  338  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14345  normal  0.264223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2913  AMP-binding domain protein  34.44 
 
 		 629 aa  335  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.235786 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0929  AMP-binding domain protein  36.36 
 
 		 629 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.358411 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2005  AMP-binding domain protein  36.65 
 
 		 629 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1134  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193251  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0925  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1980  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982582  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1999  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2138  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.637524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0234  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346753  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1574  AMP-binding domain protein  39.27 
 
 		 658 aa  331  3e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2255  AMP-binding domain protein  36.2 
 
 		 629 aa  329  8e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2241  AMP-binding domain protein  35.97 
 
 		 629 aa  325  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.677791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2984  AMP-binding domain protein  38.74 
 
 		 629 aa  323  6e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1827  AMP-binding domain protein  34.64 
 
 		 628 aa  319  1e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.662967  normal  0.891796 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3543  AMP-binding domain protein  35.51 
 
 		 660 aa  312  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2607  AMP-binding domain protein  38.25 
 
 		 638 aa  308  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2651  AMP-binding domain protein  38.25 
 
 		 638 aa  308  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2637  AMP-binding domain protein  38.07 
 
 		 638 aa  307  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.08 
 
 		 594 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 525 aa  226  8e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 539 aa  224  4e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 503 aa  220  7.999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 		 520 aa  208  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 583 aa  207  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5808  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 452 aa  206  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681195  decreased coverage  0.000412169 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 552 aa  196  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.92 
 
 		 491 aa  195  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.89 
 
 		 563 aa  195  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.89 
 
 		 563 aa  195  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.71 
 
 		 582 aa  194  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.89 
 
 		 582 aa  195  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.52 
 
 		 561 aa  193  7e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.52 
 
 		 561 aa  193  7e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 487 aa  193  7e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.46 
 
 		 561 aa  193  9e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.83 
 
 		 563 aa  192  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  30.09 
 
 		 572 aa  193  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.71 
 
 		 563 aa  192  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.14 
 
 		 503 aa  192  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 561 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 		 559 aa  191  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  29.56 
 
 		 571 aa  190  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  28.73 
 
 		 569 aa  190  5.999999999999999e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 508 aa  190  7e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 543 aa  190  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  27.19 
 
 		 551 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  31.58 
 
 		 556 aa  189  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.53 
 
 		 565 aa  187  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 566 aa  186  8e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  29.35 
 
 		 542 aa  186  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 549 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 502 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 549 aa  185  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  31.68 
 
 		 545 aa  185  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 532 aa  184  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  30.23 
 
 		 567 aa  183  7e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 		 509 aa  183  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.26 
 
 		 561 aa  182  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 564 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  28.05 
 
 		 557 aa  182  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.92 
 
 		 565 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  29.29 
 
 		 564 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.92 
 
 		 565 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 490 aa  181  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 550 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 524 aa  180  7e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.15 
 
 		 565 aa  180  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  29.9 
 
 		 555 aa  180  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  31.59 
 
 		 506 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 506 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1890  putative acid-CoA ligase  35.41 
 
 		 515 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.367051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4694  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 506 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.107104  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5079  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 506 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.216799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.21 
 
 		 563 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  30.47 
 
 		 508 aa  179  2e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1417  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.62 
 
 		 528 aa  179  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.4 
 
 		 562 aa  178  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 525 aa  178  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 485 aa  179  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.15 
 
 		 561 aa  178  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 		 506 aa  179  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.79 
 
 		 562 aa  178  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 553 aa  178  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.21 
 
 		 565 aa  177  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>