More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3832 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
509 aa  1034    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4281  AMP-dependent synthetase and ligase  78.74 
 
 
524 aa  771    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131424  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  57.11 
 
 
509 aa  551  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  52.78 
 
 
546 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  51.72 
 
 
553 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  51.46 
 
 
553 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  46.46 
 
 
508 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1567  AMP-dependent synthetase and ligase  47.21 
 
 
494 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0567369  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  42.52 
 
 
532 aa  379  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2417  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
526 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.154607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2140  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
526 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109279  normal  0.754717 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
525 aa  305  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2100  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 
526 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.467333 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 
520 aa  297  3e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.21 
 
 
514 aa  296  4e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2527  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
504 aa  295  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0049  AMP-dependent synthetase and ligase  38.2 
 
 
510 aa  292  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.541922  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0697  AMP-dependent synthetase and ligase  38.72 
 
 
506 aa  289  9e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000262874  decreased coverage  0.0000717801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 
506 aa  288  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4343  AMP-dependent synthetase and ligase  39.04 
 
 
506 aa  287  2.9999999999999996e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 
510 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 
490 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 
510 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 
510 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 
510 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 
510 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 
510 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 
510 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04397  coenzyme A synthetase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06850)  43.57 
 
 
506 aa  283  5.000000000000001e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 
510 aa  282  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.43 
 
 
512 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 
510 aa  281  2e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.15 
 
 
510 aa  280  4e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
512 aa  280  5e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 
506 aa  280  5e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 
521 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0106  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 
512 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 
492 aa  273  5.000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 
510 aa  271  2e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 
499 aa  269  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 
501 aa  265  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 
561 aa  263  6e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
505 aa  261  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1217  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 
513 aa  261  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.335283  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
504 aa  260  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 
507 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  35.74 
 
 
510 aa  259  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.81 
 
 
516 aa  258  1e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 
503 aa  259  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4801  hypothetical protein  34.17 
 
 
2167 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.73 
 
 
510 aa  258  2e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
487 aa  257  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
502 aa  256  5e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 
506 aa  256  8e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 
511 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1561  AMP-forming acyl-CoA synthetase/ligase  35.45 
 
 
511 aa  254  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 
521 aa  253  5.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.97 
 
 
515 aa  250  3e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2230  coenzyme A synthetase-like protein  33.54 
 
 
535 aa  249  8e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 
500 aa  249  9e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 
508 aa  249  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  35.52 
 
 
507 aa  248  1e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 
506 aa  247  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2096  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  36.13 
 
 
622 aa  247  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 
559 aa  247  4e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 
536 aa  246  6.999999999999999e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1852  fatty-acid-CoA ligase  35.94 
 
 
593 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 
553 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0430  AMP-binding domain-containing protein  35.73 
 
 
619 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.208171  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.74 
 
 
518 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 
539 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0841  AMP-binding domain-containing protein  35.52 
 
 
619 aa  244  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.3553  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2157  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.52 
 
 
619 aa  244  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1456  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.52 
 
 
593 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.562409  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.46 
 
 
561 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 
578 aa  243  6e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 
506 aa  243  6e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0526  AMP-binding domain-containing protein  35.52 
 
 
619 aa  243  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.39 
 
 
561 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.2 
 
 
582 aa  242  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 
485 aa  242  1e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
566 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.24 
 
 
561 aa  241  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10120  acyl-CoA synthetase  33.73 
 
 
542 aa  241  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.362122  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  31.79 
 
 
544 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 
843 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.2 
 
 
561 aa  240  4e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.2 
 
 
563 aa  240  4e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1366  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.58 
 
 
485 aa  240  4e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.691182  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 
502 aa  240  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 
518 aa  240  5e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.2 
 
 
563 aa  240  5e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.47 
 
 
504 aa  240  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.02 
 
 
513 aa  240  5e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1442  AMP-binding domain protein  29.35 
 
 
550 aa  240  5e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.684137  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  31.25 
 
 
560 aa  239  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  29.31 
 
 
549 aa  239  1e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 
527 aa  238  2e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.43 
 
 
561 aa  238  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
511 aa  237  3e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>