More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2006 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  599  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04158  hypothetical protein  41.55 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4779  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4870  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.22 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4925  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.22 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4914  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.616715  normal  0.114605 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.73 
 
 		 315 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  41.37 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1779  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1264  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1379  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 299 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2730  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0972746  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 304 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 330 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 330 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 321 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 329 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 330 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 315 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  30.74 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 283 aa  135  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 318 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 318 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 359 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  28.66 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  28.66 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>