More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0397 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  87.9 
 
 		 315 aa  567  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  77.88 
 
 		 314 aa  501  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  77.56 
 
 		 314 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  75.8 
 
 		 314 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 318 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  64.42 
 
 		 316 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  62.82 
 
 		 318 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  62.06 
 
 		 318 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  62.82 
 
 		 330 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 317 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 321 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 321 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  60.28 
 
 		 314 aa  361  8e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  55.21 
 
 		 329 aa  358  5e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  55.87 
 
 		 312 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 332 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 320 aa  353  2e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  53.63 
 
 		 315 aa  352  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 325 aa  348  9e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 		 312 aa  348  9e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 316 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 323 aa  333  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 301 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 330 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 330 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 331 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 331 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 331 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 304 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 321 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.54 
 
 		 315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 306 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 283 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  41.2 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 309 aa  206  6e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  36.01 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 306 aa  172  9e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 311 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 315 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 315 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 290 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4914  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.616715  normal  0.114605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>