More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5624 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  94.31 
 
 		 315 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  93.05 
 
 		 303 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  91.64 
 
 		 310 aa  563  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  89.14 
 
 		 308 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  89.47 
 
 		 305 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  89.14 
 
 		 305 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  83.5 
 
 		 302 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  83.5 
 
 		 302 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  80.6 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  61.28 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 316 aa  232  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 332 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 331 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 331 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 331 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 329 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 329 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 332 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 323 aa  215  8e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 		 314 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 314 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  42.05 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 318 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 314 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 317 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4767  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4870  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4925  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 359 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04158  hypothetical protein  38.38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4779  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.05 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 304 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4914  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.616715  normal  0.114605 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1379  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1779  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1264  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2730  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 297 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0972746  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 309 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 299 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  33.55 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>