More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0479 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 314 aa  646    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  95.53 
 
 		 314 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  95.22 
 
 		 314 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  75.8 
 
 		 329 aa  494  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  74.76 
 
 		 315 aa  474  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  63.84 
 
 		 318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 316 aa  394  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  62.86 
 
 		 330 aa  391  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 318 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  62.89 
 
 		 317 aa  387  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 321 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 359 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 321 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  61.83 
 
 		 318 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 317 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 317 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 320 aa  362  5.0000000000000005e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 314 aa  355  3.9999999999999996e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 312 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 332 aa  348  8e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 325 aa  346  3e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  57.59 
 
 		 329 aa  345  4e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  56.29 
 
 		 315 aa  338  8e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 312 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 323 aa  328  6e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  50.7 
 
 		 301 aa  285  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 330 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 330 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 332 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 304 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 321 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 306 aa  225  9e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  41.35 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 283 aa  208  9e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.99 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  34.74 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1868  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.7479  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4866  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.58 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.424188  normal  0.514626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.58 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>