More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4025 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  644    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  72.29 
 
 		 323 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 320 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  66.77 
 
 		 325 aa  437  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  69.84 
 
 		 315 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  69.84 
 
 		 312 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  68.2 
 
 		 312 aa  431  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 332 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  63.58 
 
 		 329 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  64.74 
 
 		 314 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 329 aa  340  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 315 aa  339  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  55.71 
 
 		 314 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  55.36 
 
 		 314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  51.27 
 
 		 314 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 318 aa  324  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 318 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 330 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  51.88 
 
 		 318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 321 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 359 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 321 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 317 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 317 aa  316  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 317 aa  315  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 301 aa  290  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 331 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 331 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 331 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 314 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  45.96 
 
 		 303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.61 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 310 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  45.39 
 
 		 302 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  41.12 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  40.45 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 283 aa  202  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 350 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 312 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  36.81 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 326 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1681  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  30.5 
 
 		 310 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>