More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1440 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  628  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  34.73 
 
 		 310 aa  168  9e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.71 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 329 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  35.05 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 332 aa  156  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 330 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1643  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 317 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 329 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 318 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4702  transcriptional regulator  32.01 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53730  transcriptional regulator  32.01 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000890377  hitchhiker  0.00908893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2775  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 330 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4061  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0800  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0828  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0859  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0891  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5155  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3436  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 350 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1264  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4915  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4842  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>