More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3459 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3459  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  665    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3905  LysR family transcriptional regulator  85.67 
 
 		 320 aa  557  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4075  LysR family transcriptional regulator  76.04 
 
 		 312 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3465  LysR family transcriptional regulator  74.39 
 
 		 332 aa  490  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.570257  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0586  transcriptional regulator, LysR family  77.2 
 
 		 315 aa  489  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0607  LysR family transcriptional regulator  77.2 
 
 		 312 aa  488  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0826  transcriptional regulator, LysR family  78.91 
 
 		 329 aa  480  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1363  LysR family transcriptional regulator  71.66 
 
 		 314 aa  458  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4025  LysR family transcriptional regulator  66.77 
 
 		 316 aa  437  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0442  LysR family transcriptional regulator  67.85 
 
 		 323 aa  434  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  0.291183 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0370  transcriptional regulator, LysR family  57.91 
 
 		 314 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0355  transcriptional regulator, LysR family  57.58 
 
 		 314 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0455  LysR family transcriptional regulator  58.74 
 
 		 315 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0397  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 329 aa  348  9e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0365942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0595  LysR family transcriptional regulator  55.49 
 
 		 318 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3364  transcriptional regulator, LysR family  56.37 
 
 		 318 aa  347  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  hitchhiker  0.000000907817 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0479  putative transcription regulator protein  56.23 
 
 		 314 aa  346  3e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3436  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 316 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2625  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 316 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0355  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 316 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2440  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 316 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3434  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 316 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1214  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 316 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3399  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 316 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2575  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 318 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210172 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3753  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 317 aa  333  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1223  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 330 aa  334  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0184  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 359 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0634  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 321 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0667  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 321 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.716633  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0588  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 317 aa  329  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.350686 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2716  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0562  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 		 317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1334  transcriptional regulator, LysR family  50.83 
 
 		 301 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.452121  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1937  LysR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 332 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.601207  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4259  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 331 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352311  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3518  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 330 aa  266  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3416  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 331 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4107  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 331 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5636  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 304 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960553  normal  0.170882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4001  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 330 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  0.240792 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6136  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 314 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6424  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 314 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.398194 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6215  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 321 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5942  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1836  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5498  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5050  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.85 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2742  transcriptional regulator, LysR family  41.97 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5624  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0317302  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0123  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6430  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0127  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5386  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5337  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5246  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214588  normal  0.158327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0136  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2073  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6216  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4294  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal  0.0102714 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71640  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3563  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 309 aa  195  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0987  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0940  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3447  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 350 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0461  regulatory protein LysR  36.13 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0428  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354645  hitchhiker  0.0000121787 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0441  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0317691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3404  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0535  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.32739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3603  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0823  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3095  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5287  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1392  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3456  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5169  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3099  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.605921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4698  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3685  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7601  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3343  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 331 aa  162  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.186487  normal  0.534398 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0844  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165909  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3161  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.897758  hitchhiker  0.00000774077 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04196  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.19 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3669  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4555  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.19 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04158  hypothetical protein  35.19 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3737  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.19 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.422137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0454  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4779  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4870  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1091  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4925  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4540  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3498  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00636184 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3059  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 330 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1440  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820273 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2006  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>